Берли хотя и поддерживал внешне «военную партию», но внутренне был против каких-либо предприятий, могущих осложнить отношения Англии с Испанией. Об этом свидетельствует письмо нового испанского посла в Лондоне Бернардино де Мендосы, занявшего место Гуэро де Спеса, королю Филиппу, которое он написал вскоре после приезда в английскую столицу: «В течение нескольких дней, проведенных мною здесь, и моих разговоров с королевой я нашел ее очень восстановленной против Вашего величества, и большинство ее наиболее влиятельных министров отдалились от нас; Лестер, Уолсингем и Сесил (лорд Берли. — К.М.), последний из которых, хотя и действует в согласии с ними… уклоняется во многих случаях… Он не хочет разрывать с Лестером или Уолсингемом потому, что они имеют сильную поддержку… что вынуждает друзей Вашего величества плыть по течению».

Королева подозревала Берли и в том, что он втайне поддерживает Марию Стюарт.

Дрейк спешил с подготовкой экспедиции. Помимо всего, его не могло не возбудить известие о том, что Джон Оксенгем, его спутник в последнем плавании, уже давно отправился к вест-индским берегам, горя желанием первым войти в Тихий океан.

Никто не знал, куда именно направится экспедиция. Экипажам судов говорилось, что они пойдут в Александрию. Вездесущий Гуэро де Спее в своем сообщении королю Филиппу от 20 сентября 1577 г., т. е. незадолго до начала экспедиции, писал, что пират Дрейк должен пойти с несколькими небольшими судами в Шотландию, чтобы выкрасть шотландского принца.

Ничего не узнал о целях плавания Дрейка и новый посол Бернардино де Мендоса. До его приезда в Лондон Уолсингем и граф Лестер сообщили Елизавете о готовящемся ее убийстве и возведении на английский престол шотландской королевы Марии Стюарт. Елизавете также сообщили об участии в этом деле дона Гуэро. Последний был схвачен и посажен в тюрьму. Это случилось 19 октября. Англия находилась на грани войны с Испанией. Граф Лестер начал готовить войска для высадки в Нидерландах в помощь Вильгельму Молчаливому. Джон Норрес встал во главе отрядов английских волонтеров, высказавших желание сражаться под нидерландским флагом.

В разгар военных приготовлений, 15 ноября 1577 г., в пять часов пополудни, Дрейк, никем не замеченный, вышел в море. Даже всесведущие испанские шпионы ничего не знали об этом. Экипажу было сказано, что его наняли для плавания в Средиземное море, портом назначения была названа Александрия.

Флотилия Дрейка состояла из пяти кораблей. Сам Дрейк находился на «Пеликане» (100 тонн), который нес его адмиральский флаг. Вице-адмиральским кораблем был барк «Елизавета» (80 тонн), которым командовал Джон Винтер. В экспедиции участвовали также «Златоцвет» (30 тонн) под командованием Джона Томаса, «Лебедь» (50 тонн) под командованием Джона Честера и «Бенедикт» (15 тонн) под командованием Томаса Муна. На кораблях в разобранном виде находились четыре пиннасы. Все корабли были хорошо вооружены, имели запас продовольствия на восемнадцать месяцев.

Экипаж состоял из 164 человек, в число которых входили матросы, солдаты, юнги. Были аптекарь, сапожник, портной и священник. Последний составил подробное описание плавания. Сам Дрейк, не любивший писать, никаких записок после себя вообще не оставил. На судах находились и десять молодых людей из знатных и богатых английских семей и среди них Томас Доути, бывший секретарь графа Эссекса, с братом Джоном. В составе экипажа были родной брат Дрейка Томас и кузен Джон, сын дяди-адмирала Роберта Дрейка.

Каюта Дрейка была отделана и обставлена с большой роскошью. Посуда, которой пользовался Дрейк, была из чистого серебра.