Миновав залитый солнцем двор, паломники попадали в обширное пространство церкви, разделенное рядами колонн; семьсот светильников горели там днем и ночью перед 52 алтарями и часовнями. Стены и арки сияли золотыми мозаиками, а пол был выложен белым мрамором, заимствованным из цирка Нерона. В западной части собора витые колонны поддерживали навес; под ним находилась могила Петра. Церковь заканчивалась западной апсидой и широкой полукруглой кафедрой с установленным по центру креслом для папы, а на арке над кафедрой находилась знаменитая мозаика, ныне утраченная: коленопреклоненный император Константин подносит модель церкви Спасителю.

Доведись нам посетить старую базилику вместе с саксонскими паломниками, мы бы кланялись сооружению над гробницей Петра и первых пап ровно так же, как это делают паломники современные, но вдобавок могли бы увидеть и саму могилу апостола. У паломников существовал обычай наматывать платок или привязывать другой небольшой предмет на конец длинной палки, чтобы прикоснуться к надгробию, находившемуся в глубине и огражденному балюстрадой; так происходил физический контакт с саркофагом святого. Дьякон из Тура по имени Агиульф посетил это место около 600 года и оставил детальное описание, процитированное Григорием Турским в сочинении «De Gloria Martyrum» («О славе святых»):

Святой Петр похоронен в церкви, с древних времен называемой Ватикан. Его гробница, расположенная под алтарем, посещается крайне редко. Однако если кто-то желает молиться, ворота, которыми отгорожено это место, открываются, и можно войти и встать над нею, затем открывают маленькое окошко, засовывают в него голову и обращаются с просьбами, согласно необходимости. И результат не заставляет себя ждать, если прошение справедливо.

Дьякон упоминал и обычай опускания кусков ткани к надгробию, о том же рассказывали и некоторые епископы — например, к папе Гормизду обращались с просьбой положить кусок ткани непосредственно на гробницу апостола Петра. Григорий Великий также ссылается на этот обычай в письме, явившемся ответом на дерзкую по наивности просьбу императрицы Константины прислать ей голову святого Павла.

Меня печалит, что я не в силах исполнить сие и принести вам радость, — писал Григорий, — ибо тела апостолов Петра и Павла излучают столь многие чудеса и повергают в толикий страх, что даже молиться им невозможно без великого трепета. Более того, да простит меня всемилостивейшая госпожа, не заведено у римлян, когда зрят они мощи святых, допускать прикосновение к какой-либо части их тел; можно лишь возложить ткань на раку и поместить ее возле святейших тел…

Обычай сохранился до наших дней. За бронзовыми дверями погребальной камеры есть ниша, где в золотой шкатулке хранится паллий, который папа посылает новопоставленным архиепископам. Полное название паллия — pallium de corpore sancti Petri («плат с тела святого Петра») — отсылает к изначальному обычаю. Паллий представляет собой полосу белой шерстяной ткани, которую архиепископы по особым случаям возлагают на шею поверх ризы; кроме того, их всегда хоронят в таком облачении. Считается, что дар паллия символизирует обычай передачи мантии умершего наставника ученикам; в Египте было принято, чтобы новый патриарх снимал паллий с тела предшественника и возлагал его на себя, этим жестом доказывая непрерывную преемственность руководства египетской церковью.

По приведенным свидетельствам видно, что в отдаленные времена можно было увидеть могилу апостола в старом соборе Св.