Николай II в создавшейся ситуации был вынужден принять меры. В июне 1915 года Сухомлинов получает от государя письмо, в котором тот извещает его об отставке с поста военного министра. Но при этом письмо носит очень доброжелательный характер, в нем говорится, что только под стечением обстоятельств император вынужден сделать этот шаг, а сам Сухомлинов остается всецело в памяти императора как порядочный, добросовестный воин и доблестный товарищ.

Но отставкой дело не кончится. «Ввиду соблюдения достоинства судебной власти» он был арестован. Это случится в начале апреля 1916 года. Но сделать это было очень нелегко.

Здесь надо сказать, что назначенный еще предшественником Хвостова для расследования прокурор Жижин, хотя и проводил расследование под наблюдением Ставки, но полученные указания начальства выполнял четко — направлял секретные донесения Щегловитову, а после отставки Ивана Григорьевича его преемнику. Последний доставлял эти рапорты на высочайшее усмотрение.

Представив очередной рапорт, Хвостов обратил внимание государя на особую важность приведенных в нем фактов, указывающих на связь бывшего военного министра с врагом. Но Николай II вскоре вернул эти материалы без всякой резолюции. Когда игнорировать «изменнические действия» Сухомлинова стало уже невозможно, была образована Верховная следственная комиссия, состоящая из членов Государственной думы и Государственного совета.

Комиссия работала ни шатко ни валко. Создавалось впечатление, что правительство пытается тормозить дело. Однако улики были настолько вескими, а преступление Сухомлинова настолько тяжким, что Хвостов добился назначения официального следствия, которое по его выбору производил сенатор Кузьмин, чья «чистота и самостоятельность» считались бесспорными.

К началу 1916 года генерал-прокурору стало ясно, что необходимо арестовать Сухомлинова. Он доложил дело новому председателю Совета министров престарелому Борису Штюрмеру. Тот вначале засомневался в целесообразности такой жесткой меры, но когда Хвостов припугнул того возможностью побега Сухомлинова, согласился. После этого Хвостов доложил и государю о том, что намерен арестовать Сухомлинова.

Николай II ответил весьма неопределенно:

— Да-да, я понимаю, что вы не испрашиваете указаний, я сам и не дал указаний…

По существующей тогда процедуре постановление об аресте Сухомлинова подписал сенатор Кузьмин.

Бывший военный министр, отставной генерал от кавалерии, Сухомлинов был арестован и заключен в Трубецкой бастион Петропавловской крепости в апреле 1916 года. Перед этим помогавший в проведении расследования сенатор Богородицкий допросил генерала в его квартире. Ему было официально предъявлено обвинение по статье 108 Уголовного уложения, то есть в способствовании и благоприятствовании неприятелю в его военных и иных враждебных против России действиях и шпионаже. По этой статье виновный мог быть подвергнут смертной казни.

Окончив допрос, сенатор Богородицкий сообщил бывшему министру, что, поскольку тот обвиняется в исключительно тяжком преступлении, вынесено постановление о его аресте. Сухомлинов некоторое время сидел молча, как бы в оцепенении, а затем, поклонившись, хрипло проговорил:

— Я к вашим услугам и считаю своей первейшей обязанностью подчиниться суровому велению закона.

В крепости Сухомлинову были предоставлены льготные условия содержания: в камере поставили складной столик и кресло, на кровати появились настоящий матрац и постельное белье, ему разрешалось гулять два часа в день (в два приема). Комендант крепости, старый знакомый Сухомлинова, бывший командующий войсками Одесского военного округа генерал Никитин, посещал арестованного в его камере.

Арест министра стал мировой сенсацией.

Газеты тогда взорвались убийственными сообщениями не только в России, но и во всем мире. Ведь привлекали к ответственности не просто министра, а военного министра Российской империи! Причем во время ведения боевых действий.