На Новогрудчине 6 января 1945 г. были частично разбиты объединенные отряды, сформированные из остатков соединения «Рагнера». Преследование и уничтожение остатков этих отрядов велось непрерывно в феврале и марте. В конце января был также уничтожен и отряд «Крыси» в Налибокской пуще, нарвавшийся на засаду 105-го пограничного полка НКВД. Однако, несмотря на эти успехи, к весне в Виленской области все еще сохранялись достаточно крупные силы АК. Современные польские источники говорят о том, что в тот период на Виленщине оставалось в виде лесных вооруженных отрядов около 400 человек, в составе конспиративной сети около 1 000 человек, имевших также оружие, а вне структуры АК оставалось около 2 тыс. других «нелегалов».

В данном случае НКВД опять оказался, как говорится, не на высоте. Дело в том, что с осени 1944 г. АК и Делегатура начали внедрение своих кадров в структуры, занимавшиеся репатриацией польского населения в Польшу. Так, председатель Особого военного суда, прекратившего свою деятельность в октябре 1944 г., Охоцкий, был внедрен в управление главного уполномоченного по делам репатриации из Литовской ССР. Дело дошло до того, что советские органы предоставили в распоряжение этого управления даже транспортный самолет, и Охоцкий в течение нескольких месяцев распоряжался им. Таким образом ему удалось с использованием поддельных документов вывезти в Польшу значительное количество солдат и офицеров АК, а затем и боевиков, уцелевших после разгрома основных структур АК. Охоцкий, правда, был все же арестован в мае 1945 г., что явилось следствием неудачной операции по вывозу из Вильно 8 января последнего коменданта Виленского округа Ю. Куликовского (псевдоним «Рынграф»). Параллельно проводились операции против конспиративных структур АК, и в апреле 1945 г. был взят заменивший его майор Гейльман (псевдоним «Виленьчик»).

Занявший затем пост коменданта округа подполковник Олехнович (псевдоним «Погорецки») ввиду полной безнадежности ситуации начал выведение состава Новогрудского и Виленского округов в Польшу. Члены АК были внедрены в управления по репатриации польского населения и, используя возможности подразделения по легализации, смогли при помощи поддельных документов до августа 1945 г. перебросить в Польшу под видом репатриантов большинство членов вооруженных формирований и нелегальной сети АК, в том числе около 300 боевиков из Новогрудского округа. Однако 15 августа 1945 г. был арестован последний комендант Новогрудского округа АК Л. Ненартович (псевдоним «Мазепа»), после чего наиболее значительные организованные конспиративные структуры АК на территории Западной Белоруссии и Литвы перестали существовать.

Но на этом война не закончилась. Оставались остатки территориальной сети и мелкие отряды АК, которые не смогли или не пожелали уйти в Польшу по различным причинам. Архивные документы приводят впечатляющие цифры тех, с кем приходилось воевать в 1944-1946 гг. на территории Белоруссии: «Бандитские формирования в первый период после изгнания немцев представляли собой крупные, хорошо вооруженные и экипированные воинские единицы, находившиеся под командой опытных конспираторов и офицеров, объединившиеся и координировавшиеся эмиссарами заграничных центров...

При их разгроме убито 3 035 и арестовано 17 872 бандитов и участников подпольных антисоветских организаций. Разоблачено и арестовано активных пособников банд, подпольных организаций и ставленников немцев 27 950 человек. Разоблачено и арестовано 5 620 агентов иностранных разведывательных и контрразведывательных органов. Всего было ликвидировано 814 подпольных террористических организаций и вооруженных банд, из них: 667 польских, 97 белорусских, 23 украинских и 27 других фашистско-националистических организаций и банд.

В ходе ликвидации подпольных банд и организаций изъято: минометов — 211, противотанковых ружей — 193, пулеметов — 3 587, автоматов и винтовок — 68 377, пистолетов — 2 979, гранат и мин — 36 078, тола — 5 тонн, около 4 миллионов боепатронов, 40 множительных аппаратов, 47 раций, поддерживающих двустороннюю связь с заграничными руководящими центрами.