Николай II вызвал к себе в Царское Село Бирилева.

— Общественность требует немедленных действий. Все газеты смеются над вами, адмирал, что вы всерьез взялись утопить летом Третью эскадру. Вам что, мало одной, артурской?

— Но ведь это абсурд, ваше величество! — взмолился Бирилев. — При всем своем желании мы просто не сможем качественно подготовить эскадру раньше! А случись что, так эти писаки тут же настрочат обратное, что-де адмиралы дураки и полезли на самурая без топора, но с обухом.

— Я не требую от вас собирать армады судов, — поднял на него грустные глаза царь. — Но поймите и меня: в империи неспокойно, и мне не хотелось бы давать возмутителям спокойствия новую почву для обличения власти. Отправляйте эскадру как хотите, хоть по частям, хоть по одному кораблю. Главное, чтобы страна знала, что мы делаем все возможное для победы!

Снова собралось особое совещание. Бирилев изложил требования Николая Второю. Адмиралы повозмущались и, взвесив все «за» и «против», решили отправлять Третью эскадру двумя отрядами: первый — в середине января 1905 года, второй — весной. В первый отряд включили самые подготовленные к плаванию корабли: эскадренный броненосец «Император Николай Первый», броненосцы береговой обороны «Адмирал Ушаков», «Адмирал Сенявин» и «Генерал-адмирал Апраксин», крейсер 1-го ранга «Владимир Мономах». Командование отрядом было возложено на контр-адмирала Небогатова. Общее руководство снаряжением уходящих кораблей взял на себя Бирилев.

Вскоре корабли первого отряда были перебазированы в Либаву, где были поставлены в сухие доки, очищены в подводной части и окрашены в черный цвет. Не теряя времени, Миклухо-Маклай со свойственной ему энергией принялся готовить свой броненосец к будущим боям. Проявив изрядную предприимчивость, он добился установки на корабле новейших дальномеров Барра и Струда, чтобы хоть как-то компенсировать низкую точность своих орудий. Чуть позже достал оптические прицелы и радиотелеграф. Особую же обеспокоенность командира вызывал тот факт, что «Ушаков» имел очень слабые вентиляторы — температура в нижних помещениях доходила обычно до 50 градусов, а в кормовой машине, прозванной матросами "душегубкой", и до 70.

— Если не заменим хотя бы часть вентиляторов, в тропиках изжаримся, как караси на сковородке! — выговаривал он старшему механику. — Уж поверьте мне, исходившему экватор вдоль и поперек!

«Адмирал Ушаков» служил на Балтике в Учебно-артиллерийском отряде, и его орудия использовались для подготовки комендоров, а потому последние к этому времени потеряли дальнобойность и точность. Об этом было всем хорошо известно, но начальники делали вид, что так и должно быть. Все попытки Миклухи добиться замены стволов так ни к чему и не привели.

— На замену нет времени! Дойдете до Владивостока, туда новые стволы и пришлем!

Помимо каждодневных дел Миклухе пришлось решать и иной вопрос, который он считал для себя делом чести.

Из воспоминаний капитана 1-го ранга А. Гезехезуса: «Владимир Николаевич (Миклуха. —В.Ш.) к моменту снаряжения Третьей эскадры, будучи командиром экипажа и командиром броненосца береговой обороны "Адмирал Ушаков", закончил ценз командования и был сменен. Командиром броненосца "Адмирал Ушаков" был назначен капитан 1-го ранга Барш. Здоровье Владимира Николаевича было очень расшатано долголетней службой на строевых судах флота. Поход же на неприспособленных судах, какими являлись броненосцы береговой обороны, предстоял нелегкий.