В 1054 году, не став ни для кого неожиданностью, произошел великий раскол христианской церкви. Христиане римского и православного обряда вступили в открытый конфликт из-за ничтожных теологических нюансов и раздела власти (Рим хотел, чтобы Папа был признан единственным правонаследником Петра, а Патриархи отвергли эту идею, говоря, что все они являются законными преемниками апостола, следуя примеру первых христианских общин). Ставрофилахи не стали ни на чью сторону, несмотря на то, что их положение, таким образом, становилось невыносимым. Они оставались верны лишь себе и Кресту, и их отношение ко всем остальным характеризовалось глубоким недоверием, которое с каждыми новыми политическими или религиозными волнениями становилось все более и более явным.

Пока Катон LXVI размышлял, какие срочные меры нужно принять для защиты братства от критики и нападок, которым оно подвергалось со стороны обеих христианских церквей, Святую Землю снова охватила война: весной 1097 года в Константинополе собрались четыре больших войска крестоносцев, намеревавшихся двинуться к Иерусалиму и освободить Святые места от мусульманского ига.

Группа ставрофилахов-переговорщиков снова тайно покинула город, чтобы направиться навстречу бессчетным европейским войскам под предводительством Готфрида Бульонского. Они нашли их два месяца спустя, во время осады Антиохии после одержания победы над турецкими войсками в Никее и Дорилее. Согласно летописи Катона LXVI, Готфрид Бульонский не согласился на сделанное братством предложение. Он сказал им, что главной целью этого крестового похода является именно Истинный Крест, символ которого украшает одежду всех воинов, и что он не откажется от него ни за какие мусульманские, иудейские или православные сокровища. Он также сказал им, что поскольку ставрофилахи не захотели присоединиться к римской церкви во время великой схизмы, как только он возьмет город, он объявит об их отлучении от церкви и навсегда распустит братство.

Переговорщики вернулись в Иерусалим с дурными вестями, и хранителей Креста охватило настоящее отчаяние. Катон LXVI собрал всех ставрофилахов на ассамблею, которая состоялась в храме Гроба Господня ночью 3 июля 1098 года, и объявил им о надвигающейся опасности. Он предложил спрятать реликвию и уйти в подполье, и это предложение было единодушно поддержано присутствующими. Именно в этот момент ставрофилахи прекратили свое открытое существование.

Год спустя после месяца блокады крестоносцы с помощью осадных орудий взяли Иерусалим и в буквальном смысле слова вырезали всех его жителей. На улицах было столько крови, что лошади становились на дыбы и в ужасе ржали, а солдаты не могли ходить. В разгар этой бойни Готфрид Бульонский направился в храм Гроба Господня, чтобы взять в руки Истинный Крест, но там его не было. Он приказал привести к себе всех выживших ставрофилахов, но ни одного из них не нашли. Он предал пыткам православных священников, и они наконец признались, что среди них было трое скрытых ставрофилахов: трое самых молодых монахов по имени Агапий, Илия и Феофан, которые остались в Иерусалиме, чтобы присматривать за реликвией. Готфрид запытал их до смерти, стегая плетьми, предавая огню, а затем четвертовав. Самый слабый из них, Феофан, не устоял. Когда его уже привязали за руки и за ноги к лошадям, в последний момент он выкрикнул, что тайный склеп находится под храмом. Солдаты Готфрида Бульонского приволокли его туда, и, почти бесчувственный, он кое-как указал место. Потом его бросили на улице на произвол судьбы, и судьба его была в том, чтобы умереть от ножевых ран, нанесенных неведомой рукой.

Так Истинный Крест стал важнейшей реликвией крестоносцев, и с тех пор они возили его с собой во все битвы.