В конце августа 1783 года князь тяжело заболел. Две недели он лежал при смерти в татарском доме среди зеленых пастбищ Карасубазара и только в середине сентября ему стало лучше. Когда жар отступал, князь выезжал осматривать войска. Когда он наконец перебрался из Крыма в Кременчуг, Екатерина отчитывала его: «Ты не умеешь быть болен и [...] во время выздоровления никак не бережешься [...] зделай милость, вспомни в нынешнем случае, что здоровье твое в себе какую важность заключает: благо Империи и мою славу добрую. Поберегись, ради самого Бога, не пусти мою прозьбу мимо ушей. Важнейшее предприятие в свете без тебя оборотится ни во что».

После присоединения Крыма, Кубани и Грузии Екатерина констатировала — с самоуверенностью, напоминающей сегодняшним читателям сталинскую: «На зависть Европы я весьма спокойно смотрю: пусть балагурят, а мы дело делаем», — и заверяла его в неизменности своих чувств: «Про меня знай, что я на век к тебе непременна». Чтобы доказать это, она приказала отпустить 100 тысяч рублей «на достройку петербургского твоего нового дома на Литейной улице»: будущего Таврического дворца.

Потемкин знал, что ногайские орды всегда будут создавать нестабильность на Кубани, и, предвосхищая переселения, которые будут производить правители СССР через полтора века, решил перегнать кочевников в приволжские и приуральские степи. Возможно, подстрекаемые Шагин-Гиреем, который тайно перебрался на Тамань, всего через месяц после присяги ногайцы перерезали пророссийски настроенных мурз. Суворов не стал медлить, подготовил сложную операцию и 1 октября перебил цвет ногайской конницы в урочище Керменчик.

Русский посланник в Константинополе Яков Булгаков, ведя переговоры о торговом трактате и наблюдая за реакцией Османов на последние события, сообщал, что «о Крыме спорить не будут, ежели не воспоследует какого нового обстоятельства со стороны Европы». Но Европа была занята другим: только что, 23 августа (3 сентября), в Версале был подписан мирный договор между Англией и Соединенными Штатами и их союзниками. Правда, Пруссия и Франция попытались организовать отпор российской экспансии на юге, и в конце сентября Екатерина ждала, что турки «с час на час» объявят войну, однако благодаря тому, что Иосиф твердо заявил о своей поддержке России, война за Крым не состоялась. Австрийский император очень высоко оценивал деяния Потемкина: «Я прекрасно знаю, как нелегко найти таких прекрасных и преданных слуг и как редко случается, чтобы они нас понимали», — писал Иосиф Екатерине 12 ноября.

28 декабря 1783 года Булгаков подписал Айналикавакское соглашение, в котором турки признали окончательную потерю Крыма.

Екатерина ждала Потемкина в Петербург: «Дай Боже, чтоб ты скорее выздоровел и сюда возвратился. Ей, ей, я без тебя, как без рук весьма часто». Он отвечал: «Матушка Государыня! Я час от часу благодаря Бога лутче теперь [...] совсем оправясь, поеду к моей матушке родной на малое время».

Но, вернувшись в Петербург в конце ноября 1783 года, Потемкин наткнулся на стену злобной ненависти. Его в очередной раз попытались дискредитировать: императрице донесли, что вспышка чумы вызвана небрежением Потемкина, а она после московского чумного бунта 1771 года относилась к подобным материям весьма щепетильно. Кроме того, говорили, что итальянские колонисты, прибывшие осваивать южные степи, погибли, потому что для них не подготовили жилье. Оба обвинения были ложью; особенно жестоко Потемкин сражался с эпидемией, и, более того, именно благодаря его усилиям чума была остановлена. По словам Безбородко, интригу направлял морской министр Иван Чернышев, имевший все причины быть недовольным светлейшим: тот строил на Черном море собственный флот, неподвластный Морской коллегии.