Заставив Екатерину проглотить такое унижение, Панины произвели чуть ли не государственный переворот. Теперь они угрожали Екатерине и Потемкину едва ли не меньше, чем сам Пугачев. Панины потребовали предоставить генералу полный контроль над гражданскими и судебными властями в губерниях, охваченных бунтом, а также над войсками (исключая лишь Первую армию Румянцева, Вторую армию, оккупировавшую Крым, и корпус, стоявший в Польше) с правом смертной казни. «Увидишь, голубчик, из приложенных при сем штук, что Господин Граф Панин из братца своего изволит делать властителя с беспредельной властию в лучшей части Империи». Она же не намерена, «побоясь Пугачева, выше всех смертных в Империи хвалить и возвышать [...] пред всем светом первого враля и [ей] персонального оскорбителя». Потемкин взял переговоры с Паниными на себя.

Екатерина II Потемкин еще не знали, что до того, как Казань пала, Румянцев подписал на выгоднейших условиях трактат с турками: Кючук-Кайнарджийский мир. Вечером 23 июля два курьера (один из них — сын Румянцева) прискакали с этой новостью в Петергоф. Отчаяние императрицы сменилось бурной радостью. «Я думаю, сегодня счастливейший день моей жизни», — сказала она. Трактат дал России выход к Черному морю — крепости Азов, Керчь, Еникале и Кинбурн и полоску побережья между Днепром и Бугом; российские торговые суда могли отныне проходить через проливы в Средиземное море; можно было строить Черноморский флот; Крымское ханство отпало от Порты — арена для будущих свершений Потемкина в Причерноморье была готова. Екатерина распорядилась об устройстве пышных торжеств; через три дня двор переехал в Ораниенбаум.

Все это усиливало позицию Потемкина в отношениях с Петром Паниным, который ждал в Москве подтверждения выдвинутых им условий. Сохранившиеся проекты этих полномочий показывают, что и Екатерина, и Потемкин стремились «окоротить» генерала сколько возможно. Направляя через несколько дней инструкции императрицы Петру Панину, Потемкин сообщал, что тот обязан этим назначением исключительно его усилиям. Назначение Панина состоялось 2 августа: ему поручалось только командование общее войсками, уже сражающимися против Пугачева, и управление Казанью, Оренбургом и Нижним Новгородом. Но в Поволжье у Потемкина оставался его кузен Павел Сергеевич, так что фактически власть над Казанью была поделена между ним и Паниным.

Последние новости с Волги еще больше ослабили Паниных. Оказалось, что после падения Казани Михельсон разбил Пугачева несколько раз, и сама страшная новость, достигнув петербургского Совета, уже устарела. Пугачев не шел на Москву, а бежал к югу. Кризис миновал.

27 июля в Ораниенбауме начались торжества по случаю победы над турками, но Екатерина продолжала с тревогой следить за событиями на Волге.

Отступление Пугачева немногим отличалось от наступления. К нему по-прежнему присоединялись крестьяне и казаки, сдавались города, звонили колокола и горели усадьбы. 6 августа был разграблен Саратов, где Пугачеву присягнули священники. Были повешены 24 помещика и 21 чиновник.

Добравшись до Царицына, Пугачев убедился в том, что самозванцам нет чести в своем отечестве. Казаки узнали в «Петре III» Емельяна Пугачева и отказались идти за ним. Он двинулся дальше вниз по Волге с 10 тысячами человек, но был арестован своими же приближенными. «Вы хотите изменить своему государю?» — воскликнул он, — но «анператор» уже утратил свою власть. Атаманы выдали его правительственным войскам в Яицком городке — там, где восстание началось год назад. Между честолюбивыми полководцами — Павлом Потемкиным, Петром Паниным, Иваном Михельсоном и Александром Суворовым — разгорелась склока за право считаться «поимщиком» Пугачева, хотя по сути это право не принадлежало ни одному из них.