О том, что случилось на самом деле, императрица молчала до гробовой доски. Исследователи высказывают несколько версий смерти Петра III. Одна из них — наиболее известная — состоит в том, что Екатерина II сама приказала убить мужа, и Алексей Орлов исполнил ее повеление, задушив несчастного. Эту историю распространил по Европе секретарь французского посольства К. К. Рюльер, часто бывавший в доме Панина и озвучивавший его описание событий.

Согласно рассказу Рюльера, Алексей Орлов и Г. Н. Теплов сначала попытались отравить императора, а потом удушили его. Они «пришли вместе к несчастному государю и объявили, что намерены с ним обедать. По обыкновению русскому перед обедом подали рюмку с водкою, и подставленная императору была с ядом… Через минуту они налили ему другую. Уже пламя распространилось по его жилам, и злодейство, изображенное на их лицах, возбудило в нем подозрение — он отказался от другой; они употребили насилие, а он против них оборону. В сей ужасной борьбе, чтобы заглушить его крики… они бросились на него, схватили его за горло и повергли на землю. Но он защищался всеми силами, какие предает последнее отчаяние, и они… призвали к себе на помощь двух офицеров, которым поручено было его караулить и которые в сие время стояли у дверей вне тюрьмы. Это был младший князь Барятинский и некто Потемкин, 17-ти лет от роду. Они показали такое рвение в заговоре, что, несмотря на их первую молодость, им вверили сию стражу. Они прибежали, и трое из сих убийц, обвязав салфеткою шею сего несчастного императора (между тем как Орлов обеими коленями давил ему на грудь и запер дыхание), его душили, и он испустил дух в их руках».

Как видим, Рюльер присовокупил к числу убийц и молодого Потемкина. Но позднее ни Панин в разговорах, ни Дашкова в мемуарах не бросали тень на Григория, тогда как фамилии Орлова и Барятинского муссировались постоянно. Достоверности рассказу французского дипломата предавало и якобы собственноручное письмо Орлова с признанием в убийстве: «…Матушка, его нет на свете. Но никто сего не думал, и как нам задумать поднять руки на государя! Но, государыня, свершилась беда. Он заспорил за столом с князь Федором (Барятинским. — О. Е.); не успели мы разнять, а его уже и не стало. Сами не помним, что делали, но все до единого виноваты, достойны казни…»

Только в конце XX века был поднят вопрос о том, почему такое важное письмо, на основе которого строятся обвинения против Орлова, существует в копии, тогда как сохранились два первых послания Алексея Григорьевича из Ропши. Можно ли делать столь серьезные заключения при отсутствии подлинника и существовал ли он вообще? Первым сомнения высказал московский историк О. А. Иванов, он же провел источниковедческое исследование писем Орлова из Ропши. С его выводами согласился и дополнил их К. А. Писаренко. Независимо от Иванова к сходным заключениям пришел В. А. Плугин.

В настоящий момент можно считать доказанным, что признание Орлова подложно и составлено в 1801 году Ф. В. Ростопчиным, вероятно, по приказу Павла I. Подлинника третьей записки, скорее всего, никогда не существовало. О смерти императора Алексей рассказывал не в третьем, а во втором письме, конец которого был позднее оторван фальсификаторами. Петр действительно был убит, но произошло это не 6-го, как принято считать, а 3 июля. И смерть его наступила при других обстоятельствах.

После того как рюльеровская версия дала заметные трещины, усилилось внимание исследователей к иным трактовкам событий. В частности, к рассказу датского посла Андреаса Шумахера, отличавшегося добросовестностью в подборке материала для своей книги. Дипломат называет иного убийцу — Александра Мартыновича Шванвича, бывшего лейб-кампанца, а затем голштинского гвардейца Петра III. «Один принявший русскую веру швед из бывших лейб-кампанцев — Швановиц, человек очень крупный и сильный, с помощью еще некоторых других людей жестоко задушил императора ружейным ремнем… Его удушение — дело некоторых из тех, кто вступил в заговор против императора и теперь желал навсегда застраховаться от опасностей».