В условиях продолжающегося правительственного гонения на передовую литературу, в первую очередь на «натуральную школу», новая повесть Тургенева появилась в апрельской книжке «Отечественных записок» в искалеченном цензурой виде. Извещенный Краевским о том, что произошло с повестью в недрах цензуры, Тургенев с горькой иронией писал ему 9(21) мая 1850 г.: «Сожалею об участи „Дневника“ — тем более, что я никак не ожидал, чтобы цензура напала на такое невинное произведение — но судьбы неисповедимы. Ла Илла ил Алла, Магомед Резул Алла!!! — Я сильно начинаю склоняться к магометанской вере».

Ни наборная рукопись, ни цензурованные гранки повести не сохранились. Тем не менее, на основе сопоставления журнального текста с автографом и текстами прижизненных изданий сочинений можно достаточно ясно определить характер цензурной расправы, учиненной над «Дневником лишнего человека». Цензура исключила из повести ряд сатирических мест, сняла эпизоды и отдельные выражения, которые показались неприемлемыми с точки зрения официальной морали, а также всё, что затрагивало, хотя бы косвенно, область церковных догматов или правил. От первой записи (20 марта) остался один только начальный абзац — весь дальнейший рассказ Чулкатурина о его детстве, с сочувственной характеристикой его «порочного» отца и с иронической обрисовкой его «добродетельной» матери, со многими сатирическими деталями, был полностью изъят: в записи 23 марта было исключено сатирическое описание города О…; из характеристики уездных чиновников (в записи 24 марта) было устранено всё, что выражало авторскую иронию. Цензура удалила все упоминания о военном звании не только князя Н., но и скромного ротмистра Колобердяева (ср. подобную же цензурную правку в «Петушкове» — наст, том, с. 582). Исключены были такие обиходные выражения, как: «бог весть», «ей-богу», «господь с вами», не говоря уже о вполне вольнодумном с точки зрения догматов церкви замечании: «но в таком случае и сама вечность — пустяки»; даже совершенно безобидное выражение: «скромное тякание надтреснутого колокола» было заменено на официальное: «звон колокола».

Цензура вычеркнула из записи 29 марта весь рассказ о третьей встрече Чулкатурина с Лизой и всю следующую запись 30 марта. Вследствие этих, а также других, более мелких купюр, от темы «падения» Лизы в повести не осталось ни малейшего следа. Из остальных мест, вычеркнутых цензором, следует отметить еще: ироническое замечание о домашнем воспитании детей (с. 169, строки 25–27), о «краденых яблоках» и о детской влюбленности героя в горничную Клавдию (с. 171, строки 16–26), шутку о том, что мать Чулкатурина «обремизилась», родив его (с. 173, строки 23–28), автохарактеристику Чулкатурина как лишнего человека (с. 175, строки 17–32), его замечание о любви как о «болезни» (с. 185, строки 5–7), сравнение с собакой, которой «заднюю часть тела переехали колесом» (с. 204, строки 29–35).

Все цензурные купюры и искажения были восстановлены Тургеневым в изданиях Для легкого чтения и 1856 г. Предисловие к «Повестям и рассказам» он пометил мартом 1856 г., цензурное разрешение первого тома сборника Для легкого чтения было дано 27 марта. Следовательно, подготовку «Дневника лишнего человека» к новому изданию можно отнести к первым месяцам 1856 г.

Новая наборная рукопись повести (по-видимому, в изданиях Для легкого чтения и 1856 г. Текст ее набирался с одного и того же оригинала) не сохранилась, однако характер работы Тургенева над повестью в 1856 г.