Судя по всему, королева относилась к нему очень благосклонно и несколько раз навещала в Мортлейке, чтобы взглянуть на его научные приборы и библиотеку, но она сделала очень мало для его продвижения по службе. Возможно, именно это стало причиной его сближения с Келли. Доктор Ди не был деловым человеком, и заявление Келли, что тот открыл «философский камень», который сможет сделать их богатыми, заставил его пойти на глупое партнерство.

Алхимики утверждали, что им удалось создать «философский камень», с помощью которого можно не только превращать простые металлы в драгоценные, но и получить эликсир жизни. Некий Корнелий Альветан посвятил свой трактат «De Conficiendo Divino Elixire sive Lapide Philosophorum» Елизавете, которая, прочитав его на латыни, так им увлеклась, что предоставила Корнелию удобное жилье в Сомерсет-хаузе и приказала приниматься за работу. Любопытно, но королеву больше интересовала ее казна, чем возможность вечной жизни, поскольку она заказала Корнелию произвести 50 тысяч марок из чистого золота «по приемлемой цене». Корнелий не сумел выполнить заказ. В 1567 году он был заключен в Тауэр за «оскорбление Ее Величества королевы»  лживыми обещаниями.

Все хитрые махинации алхимиков с их странным и непонятным для нас «научным жаргоном» Бен Джонсон высмеял в своей пьесе «Алхимик», изобразив жадного и легковерного сэра Эпикура Маммона в виде козла.

Ради справедливости стоит заметить, что многие алхимики были гениальными исследователями, и среди них — Теофраст Бомбаст, или Парацельс. Алхимия приобрела новое направление развития, когда он заявил, что ее подлинной задачей должно быть не производство золота, а медицинских препаратов.

В самом начале правления Елизаветы Уильям Сесил обращался к астрологу, чтобы узнать, что ждет королеву на поприще брака. Ему сообщили, что королева выйдет замуж за иностранца и родит сына, которому предстоит стать великим правителем, и дочь. Так как многие елизаветинцы верили в предзнаменования, знаки и влияние звезд, то неудивительно, что они были убеждены в бытие привидений, эльфов, фей и злых духов. Кроме этого, существовали еще колдуны и чародеи.

Епископ Джевел, человек просвещенный, был так расстроен мерзкими делами ведьм и тем, что они разрушали здоровье людей, что в 1572 году выступил с решительной проповедью против них. Среди слушателей была и королева, но он не стал смягчать свою речь. «Эти глаза, — громогласно заявил он, — видели несомненные и очевидные следы их деяний. Подданные Вашей Светлости начинали чахнуть и даже умирать, краска сходила с их лица, а плоть ослабевала. Их чувства притуплялись, а речь пропадала». Очевидно, этот добрый епископ принял предмет своего выступления слишком близко к сердцу: было бестактно проповедовать против ведьм в присутствии женщины, чью мать считали одной из них. У Анны Болейн были родинка чародейки и рудиментарный палец — «соска дьявола».

Но средний англичанин — сельский житель и бедняк — продолжал верить в действие трав и снадобий, амулетов и заклинаний.

В то время существовали заклинания от многих болезней. Для излечения от эпилепсии следовало ночью пить ключевую воду из черепа того, «кто был убит». Чтобы вылечиться от укуса скорпиона — ситуация, не типичная для Англии, но с которой приходилось сталкиваться путешественникам в тропиках, — укушенный должен был прошептать на ухо ослу: «Меня укусил скорпион».