Дело окончилось тем, что Бестужева выслали из Петербурга в одну из его деревень, но в ходе следствия подозрения пали на Екатерину, ювелира Бернарди, Понятовского, бывшего фаворита Елизаветы Петровны генерал-поручика Никиту Афанасьевича Бекетова и учителя Екатерины Адодурова. Все эти люди были связаны с Екатериной, Бестужевым и английским посланником Уильямсом. Из них лишь Екатерина, как великая княгиня, да Понятовский, как иностранный дипломат, могли бы чувствовать себя относительно спокойно, если бы не их собственные интимные отношения и сугубо секретные дела с канцлером Бестужевым, которые нельзя было расценить иначе, как антиправительственный заговор. А дело было ещё и в том, что Бестужев составил план, по которому, как только Елизавета Петровна скончается, Пётр Фёдорович станет императором по праву, а Екатерина будет соправительницей. Себе же Бестужев предусмотрел особый статус, который облекал его властью не меньшей, чем у Меншикова при Екатерине I. Бестужев претендовал на председательство в трёх важнейших Коллегиях — Иностранной, Военной и Адмиралтейской. Кроме того, он желал иметь звание подполковника во всех четырёх лейб-гвардейских полках — Преображенском, Семёновском, Измайловском и Конном. Свои соображения Бестужев изложил в виде Манифеста и прислал его Екатерине.

К счастью и для себя, и для Екатерины, Бестужев успел сжечь и Манифест и все черновики и таким образом лишил следователей серьёзнейшей улики в государственной измене. Более того, через одного из своих преданнейших слуг — камердинера Василия Григорьевича Шкурина (запомните имя этого человека, мы вскоре вновь встретимся с ним в обстоятельствах более чем неординарных) Екатерина узнала, что бумаги сожжены и ей опасаться нечего.

И всё же подозрение осталось, и Елизавета Петровна стараниями братьев Шуваловых, Петра и Александра, была уведомлена об альянсе Бестужев — Екатерина. Импульсивная и неуравновешенная императрица решила, хотя бы внешне, выказать своё неудовольствие Екатериной и перестала принимать её, что повлекло охлаждение к ней и значительной части большого двора.

А Станислав-Август оставался по-прежнему любовником великой княгини, и есть много оснований полагать, что в марте 1758 года Екатерина именно от него забеременела ещё раз и 9 декабря родила дочь, названную Анной. Девочку унесли в покои Елизаветы Петровны сразу же после рождения, и дальше всё происходило, как и четыре года назад, когда на свет появился её первенец — Павел: в городе начались балы и фейерверки, а Екатерину вновь оставили одну. Правда, на этот раз у её постели оказались близкие ей придворные дамы — Мария Александровна Измайлова, Анна Никитична Нарышкина, Наталья Александровна Сенявина и единственный мужчина — Станислав-Август Понятовский.

Анна Нарышкина, урождённая графиня Румянцева, была замужем за обер-гофмаршалом Александром Нарышкиным, а Измайлова и Сенявина были урождёнными Нарышкиными — родными сёстрами гофмаршала и доверенными наперсницами Екатерины. В «Записках» Екатерина сообщает, что эта компания собралась тайно, что Нарышкины и Понятовский прятались за ширмы, как только раздавался стук в дверь, а, кроме того, Станислав-Август прошёл во дворец, назвав себя музыкантом великого князя. То, что Понятовский был единственным мужчиной, оказавшимся после родов у постели Екатерины, выглядит достаточно красноречивым свидетельством, подтверждающим версию о его отцовстве.

В своих «Записках» Екатерина приводит любопытный эпизод, произошедший незадолго до родов в сентябре 1758 года: «Так как я становилась тяжёлой от своей беременности, то я больше не появлялась в обществе, считая, что я ближе к родам, нежели была на самом деле.