События в Нагорном Карабахе повлекли за собой кровавые последствия: исход армян из Азербайджана, азербайджанцев из Армении. После армянской резни в Сумгаите, которая осталась безнаказанной, 13 января 1990 года начались армянские погромы в Баку. Они переросли в настоящий бунт, в восстание против слабой и неумелой власти. Выплеснулось долго копившееся недовольство. Это был не только национальный, но и политический, и социальный конфликт.

Руководство республики не могло справиться с происходящим. Горбачев отправил в Баку кандидата в члены политбюро Примакова и нового секретаря ЦК КПСС по национальным делам Андрея Николаевича Гиренко, профессионального партийного работника с Украины. Гиренко прежде руководил Крымским обкомом, а там проблема с крымскими татарами, так что он считался специалистом по национальным делам.

Прилетев в Баку, Примаков и Гиренко сообщили в Москву, что беспорядки продолжаются, местная власть не контролирует ситуацию. Бюро ЦК компартии Азербайджана распространило сообщение:

«В ходе беспорядков и бесчинств, спровоцированных в Баку 13 января, произошли трагические события. От рук преступников погибли люди, главным образом — армяне, имеются десятки раненых. Совершены погромы жилищ… Состоялся чрезвычайный пленум Бакинского горкома партии, в котором приняли участие кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС, председатель Совета Союза Верховного Совета СССР Е. М. Примаков, секретарь ЦК КПСС А. Н. Гиренко, первый секретарь ЦК КП Азербайджана А. X. Везиров».

Примаков встречался с активистами оппозиционного Народного фронта Азербайджана, представителями интеллигенции, журналистами.

Восемнадцатого января 1990 года он выступал на митинге, пытался убедить людей, собравшихся на площади, успокоиться и разойтись. Его слушали, но не расходились. Слова не помогали.

Москва требовала прекратить беспорядки и восстановить власть в республике. Но как? Единственной силой, способной решить эту задачу, была армия. Тогда шутили: советская власть в Закавказье — это воздушно-десантные войска плюс военно-транспортная авиация.

Горбачев отправил в Баку войска. А в качестве правового обоснования 19 января президиум Верховного Совета СССР ввел чрезвычайное положение в Баку в связи с «попытками преступных экстремистских сил насильственным путем, организуя массовые беспорядки, отстранить от власти законно действующие государственные органы и в интересах защиты и безопасности граждан».

Тульской воздушно-десантной дивизией командовал полковник Александр Иванович Лебедь, которому еще только предстояло стать знаменитым. В ночь с 19 на 20 января его десантники начали входить в город. Но за год в республике многое изменилось: десантники оказались во враждебном городе.

В Азербайджане восприняли ввод войск как вторжение иностранной армии, как оккупацию. Бакинская молодежь пыталась противостоять вводу войск. Солдаты прорывались через баррикады, через перегородившие дороги грузовики под огнем стрелкового оружия и градом камней. Десантники пустили в ход оружие. В ночном бою погибло около двухсот человек. Тридцать восемь из них те, кто входил в город в броне: их встретили хорошо вооруженные и подготовленные силы. Можно сказать, что этот кровавый эпизод невероятно усилил стремление Азербайджана выйти из единого государства.

В ночь на 21 января собрался Верховный Совет Азербайджана. Он приостановил действие союзного указа об объявлении в Баку чрезвычайного положения и потребовал вывести войска из города. Действия войск Министерства обороны, МВД и КГБ СССР были признаны противоправными.

В кровопролитии стали обвинять и Примакова, считая, что это именно он вызвал войска в Баку и как старший по партийному званию координировал их действия.

Александр Яковлев рассказывал:

— Он очень переживал, когда ему стали инкриминировать бакинские события. Всё развивалось на моих глазах, знаю его телеграммы.