Началась очередная охота «на волков». Повсюду — в вузах, в академиях и на опытных станциях — выявляли и истребляли генетику. Зная, что Рапопорта не запугаешь, его уговаривали (!) покаяться, давили на партийный долг. Он потерял партбилет, получив взамен «волчий». Но «смелого пуля боится» — Иосиф Абрамович спас честь и выжил.

Изгнанный без права поступления на работу, доктор наук Рапопорт пытался устроиться в метро, зачислялся на временную работу в геологические партии, под чужой фамилией делал переводы для Института научной информации.

После смерти Сталина в 1953 г. пали многие кумиры. Лысенко — остался. В 1956 г. Нобелевская премия впервые была присуждена советскому гражданину. Им стал академик Николай Семенов. При вручении премии в Стокгольме разделивший с ним награду Хиншелвуд (нет пророка в своем отечестве!) рассказал Семенову о классических работах Рапопорта, известных загранице. Вернувшись домой, Николай Николаевич отыскал его. Начался долгий путь возвращения Иосифа Абрамовича к любимой работе в стенах Института химфизики АН СССР. Путь нелегкий, осложняемый на каждой ступени «компетентными органами». И вот после 12-летнего перерыва увидела свет новая работа Рапопорта — «Мутационное действие 1,4-бисдиазо-ацетилбутана».

В начале 60-х Нобелевский комитет выдвинул Рапопорта на получение премии. Помня скандал с лауреатством Бориса Пастернака, шведы осторожно запросили мнение советских властей о кандидатуре Рапопорта. Мудрые мужи в ЦК поставили условием поддержки заявление от Рапопорта о повторном вступлении в партию. А члены КПСС были обязаны поддерживать «мичуринскую биологию». Конечно, Рапопорт отказался. Отказался от всемирного признания, от почти автоматического избрания академиком, от денег, наконец. Для него существовали иные ценности. В итоге ни Рапопорт, ни Ауэрбах не стали нобелевскими лауреатами (таковы правила — оба или никто). Одно из блистательных достижений генетики XX века — химический мутагенез — так и не было отмечено высшей международной научной наградой, хотя награда за радиационный мутагенез была вручена Г. Дж. Меггеру еще в 1946 году.

Возглавляя отдел химического мутагенеза Института химфизики, Иосиф Абрамович стал основателем нового научно-практического направления. Вот он, яркий пример практичности хорошей теории. В содружестве с агрономами и селекционерами было создано почти 400 новых сортов, устойчивых и урожайных. К ним надо добавить множество штаммов-продуцентов промышленных микроорганизмов. Оказывалась помощь лесоводам и животноводам. Откликаясь на нужды времени, он наметил программу работ по рекультивации почв после промышленных загрязнений... А чиновник из Госкомитета по науке и технике никак не мог взять в толк, почему этот Рапопорт не ставит своей фамилии в десятках статей, использующих его наработки? Бедняга мерил своим аршином.

В декабре 1990 г. член-корреспондент Академии наук СССР, Герой Социалистического Труда, лауреат Ленинской премии Иосиф Абрамович Рапопорт трагически погиб: на пешеходном переходе его сбила машина.

В святоотеческой литературе принято разделять праведников на строителей-просветителей, мучеников за веру и защитников отечества. Жестокие испытания времени проявили все три ипостаси личности Иосифа Абрамовича».