В июне 1960 года Президиум Верховного Совета заслушал на своем заседании сообщения Председателя Верховного суда Горкина и Генерального прокурора Руденко о практике применения судами смертной казни. В принятом по этим сообщениям постановлении отмечалось, что «имеют место факты, когда органы следствия и прокуратуры недостаточно полно исследуют обстоятельства и мотивы совершения преступления, нарушают установленные законом сроки проведения предварительного расследования; судебные органы допускают случаи неправильной квалификации действий осужденных, что приводит к необоснованному применению смертной казни».

Направляя это постановление на места, Руденко предложил прокурорам расследование дел об умышленных убийствах, совершенных при отягчающих обстоятельствах, поручать наиболее квалифицированным следователям, старшим следователям и следователям по особо важным делам, а надзор за раскрытием и расследованием наиболее сложных дел осуществлять лично прокурорам областей и республик.

Однако положение дел на местах улучшалось медленно. Об этом свидетельствует закрытое постановление Пленума Верховного суда СССР от 16 ноября 1965 года, то есть принятое спустя пять лет после появления названного выше постановления. Оно явилось результатом изучения Прокуратуры СССР совместно с Верховным судом практики применения исключительной меры наказания.

Что же показало это изучение? Отмечалось, что при расследовании преступлений, за которые может быть назначена смертная казнь, при поддержании по ним государственного обвинения и осуществлении надзора за законностью и обоснованностью приговоров, выносимых судами, допускаются «серьезные недостатки и ошибки». Что же это за ошибки? Оказывается, неправильно оцениваются доказательства и квалифицируются деяния виновных, а следовательно выносимые приговоры «не основываются в некоторых случаях на бесспорных доказательствах», расширительно толкуются обстоятельства, отягчающие ответственность (особенно, такие как хулиганские и корыстные побуждения, проявления особой жестокости), по делам об изнасиловании смертная казнь назначается даже при отсутствии особо тяжких последствий.

В связи с постановлением Пленума Верховного суда прокурорам было направлено указание об усилении надзора за законностью и обоснованностью применения судами исключительной меры уголовного наказания.

Р. А. Руденко непримирим был, когда дело касалось очищения органов прокуратуры от лиц, злоупотребляющих своим высоким положением. Примером этому может служить дело, возбужденное в начале 60-х годов в отношении большой группы работников прокуратуры и министерства внутренних дел Киргизской ССР. На скамье подсудимых оказались прокуроры республиканской прокуратуры и прокуратуры Фрунзе, которые совместно с оперативными работниками органов внутренним дел республиканского министерства за взятки освобождали преступников от заслуженного наказания, а иногда обирали невиновных граждан, необоснованно привлеченных к уголовной ответственности. Были установлены факты пьянок некоторых прокуроров, следователей и работников милиции с «преступным элементом», семейственности и панибратства во взаимоотношениях между республиканским аппаратом прокуратуры и милиции с нижестоящими органами. По делу привлекались к уголовной ответственности 30 человек, из них 17 работников прокуратуры и органов внутренних дел. Судебная коллегия по уголовным делам Верховного суда приговорила семерых к высшей мере наказания, а остальных — к длительным срокам лишения свободы и иным мерам.

Конечно, Роман Андреевич Руденко был человеком своей эпохи, непримиримым и к «врагам народа» 60-х — 70-х годов, так называемым «диссидентам», лицам, занимавшимся «антисоветской пропагандой и агитацией» и ко всем другим «инакомыслящим». И здесь он установки партии четко проводил в жизнь.