В обвинительном заключении, утвержденном Акуловым, которое составили Вышинский и Шейнин, а затем и в приговоре было отмечено, что в Москве существовала подпольная контрреволюционная группа, образовавшаяся из числа участников антисоветской зиновьевской оппозиции, во главе с так называемым «Московским центром», в который входили Г. Е. Зиновьев, Л. Б. Каменев, Я. В. Шаров и другие. Под руководством «Московского центра» действовала и подпольная контрреволюционная ленинградская группа главные участники которой были осуждены 28—29 декабря 1934 года по делу об убийстве С. М. Кирова.

Поступая таким образом и связывая обе группы, власти получали широкий простор для развертывания репрессий, так как сторонников Зиновьева можно было найти в любом конце страны.

И все же в этом приговоре судьям пришлось сделать оговорку, что судебным следствием не установлены факты, которые дали бы основание квалифицировать действия членов «Московского центра» в связи с убийством 1 декабря 1934 года С. М. Кирова как подстрекательство к этому преступлению, хотя следствие и подтвердило, что участники «Московского центра» знали о «террористических настроениях ленинградской группы». По этой причине приговор не был жесток. Участники центра получили от 5 до 10 лет тюремного заключения.

Фальсификация указанных выше дел повлекла за собой такую массу лжи, измышлений, подлогов и грубейших нарушений законности, что даже и теперь, спустя более шестидесяти лет после этой трагедии, когда читаешь эти дела, не видишь ясности по целому ряду обстоятельств. Поэтому и неудивительно, что продолжают бытовать самые различные версии этих трагических событий.

Еще во время следствия по делу об убийстве С. М. Кирова в Ленинграде были привлечены к уголовной ответственности и осуждены к различным срокам заключения или высылке в отдаленные районы 77 человек из так называемой контрреволюционной зиновьевской группы, которых не удалось связать непосредственно с убийством. Всего за 2,5 месяца после убийства в Ленинграде и области арестовали 843 человека, за весь 1935 год — 26 515, а в последующие три года — еще 64 248 человек.

В марте 1935 года были осуждены Военной коллегией Верховного суда СССР и расстреляны жена Николаева М. П. Драуле, ее сестра О. П. Драуле с мужем Р. М. Кулашер, брат П. В. Николаев, репрессирована сестра Е. В. Рогачева.

В орбиту репрессий вскоре были втянуты и лица, занимавшиеся расследованием дела об убийстве С. М. Кирова, в том числе нарком внутренних дел Ягода, его заместители Агранов и Прокофьев и многие другие, которых теперь уже обвинили как соучастников в убийстве Кирова, а также в устранении «важного свидетеля» Борисова (охранник С. М. Кирова, трагически погибший в автомобильной аварии 2 декабря 1934 года).

После смерти И. В. Сталина обстоятельства убийства С. М. Кирова неоднократно проверялись высокими комиссиями. Всего в разные годы были организованы четыре правительственные комиссии, работавшие под руководством высоких партийных функционеров.

Первой комиссией руководил Молотов, второй и третьей — Шверник, четвертой — Пельше. Все они пришли к различным выводам. Первая комиссия (работавшая в 1956—1957 годах), третья (в 1961 году) и четвертая (в 1963-1967 годах) констатировали, что в убийстве Кирова виновен лишь один Николаев и что он не был связан ни с троцкистской, ни с зиновьевской оппозицией. Вторая комиссия (1960 год) пришла к выводу, что убийство было организовано и осуществлено НКВД по заданию Сталина.

В 1988 году Прокуратура Союза ССР, в очередной раз тщательно изучив уголовное дело и все другие материалы, признала, что Николаев совершил убийство один и что остальные лица, привлеченные по этому делу, осуждены незаконно. Однако руководитель комиссии Политбюро ЦК КПСС по изучению материалов, связанных с репрессиями в период 30-х—50-х годов, с таким выводом не согласился.