В одной из характеристик Романа Андреевича этого периода сказано: «Будучи и. о. прокурора УССР, товарищ Руденко в сложных условиях работы в освобожденных от оккупации районах сумел правильно организовать прокурорскую и следственную работу периферии. Органы прокуратуры УССР в специфических условиях прифронтовой обстановки активно способствовали правительственным органам и военному командованию в выполнении сложных и серьезных задач, стоящих перед ними в деле использования сил и средств для разгрома врага, восстановления народного хозяйства, ликвидации последствий оккупации».

Далее в характеристике отмечается, что Р. А. Руденко «своевременно и правильно ориентировал периферийные органы прокуратуры на разоблачение изменников Родины, их сообщников и дезертиров, на организацию надзора за соблюдением социалистической законности, охрану соцсобственности».

По мнению заместителя прокурора СССР Каховского, подписавшего характеристику, Р. А. Руденко «принципиален, настойчив, во взаимоотношениях с работниками выдержан, требователен к себе и подчиненным». Он отмечает также оперативность Руденко, его авторитетность и постоянное стремление, несмотря на условия военного времени, к повышению своей квалификации. Сразу же после окончания высших курсов и юридической школы Роман Андреевич поступил в экстернат Московского юридического института, чтобы самостоятельно подготовиться к государственным экзаменам.

В марте 1943 года Р. А. Руденко был присвоен чин государственного советника юстиции 3 класса, а 23 июня того же года он назначается на ответственный пост прокурора Украинской ССР вместо Л. И. Яченина, который в то время был прокурором фронта. Спустя еще четыре дня Руденко становится государственным советником юстиции 2 класса, что соответствовало тогда воинскому званию генерал-лейтенанта. Роману Андреевичу было тогда 37 лет.

Забот у руководителя прокуратуры крупнейшей республики, серьезно пострадавшей от фашистского нашествия, было предостаточно. Он лично возглавил работу по расследованию злодеяний нацистов на украинской земле, их бесчинств и террора против мирных жителей. Собранный по этому вопросу огромный документальный материал немедленно передавался в созданную Правительством Чрезвычайную государственную комиссию.

26 марта 1945 года Роман Андреевич Руденко получил свою первую правительственную награду — орден Ленина, которого он был удостоен за «выдающиеся заслуги в деле осуществления социалистической законности и укрепления советского правопорядка». Всего ордена и медали были вручены 711 прокурорам и следователям. Так Родина оценила вклад, который внесли прокурорско-следственные работники во время Великой Отечественной войны.

С 20 по 22 июня Военная коллегия Верховного суда СССР под председательством Ульриха рассматривала дело по обвинению генерала Л. Б. Окулицкого и других лиц (всего 15 человек), руководивших польским подпольем, действовавшим в тылу Красной Армии. В результате террористической деятельности так называемой «Армии Крайовой» было убито и ранено около 500 советских солдат и офицеров. По предложению Сталина процесс проходил в Колонном зале Дома Союзов с широким привлечением как советской, так и зарубежной прессы, с трансляцией по радио. На нем присутствовали дипломаты и корреспонденты из многих стран. Основным обвинителем был утвержден Главный военный прокурор Афанасьев. Когда при обсуждении этого дела у Сталина возник вопрос, кто будет помогать обвинителю, Афанасьев назвал прокурора Украинской ССР Руденко.