Масштабные перестановки в министерстве обороны говорили о серьезном подходе к реформированию армии. Иванов получил заместителей по финансам (бывший заместитель министра финансов Любовь Куделина), вооружениям (заместитель секретаря СБ Алексей Московский) и общим вопросам (командующий Московским военным округом Игорь Пузанов).

Уход Иванова из Совбеза и назначение туда Рушайло фактически положило конец существованию властного центра, альтернативного Администрации Президента (АП). Очевидно, что контроль над региональной политикой оказался полностью сконцентрирован в Администрации и полпреды утратили возможность готовить решения Президента через аппарат Совбеза в обход АП. Таким образом уход Сергея Иванова в Министерство обороны автоматически принес очевидные выгоды руководителю Администрации Президента РФ Александру Волошину, конкурент которого (в лице аппарата СБ) фактически исчез. Одновременно ослабели аппараты полпредов.

Тем не менее, отставка Рушайло с поста министра внутренних дел нанесла по позициям Волошина серьезный удар. То есть, с достаточной степенью условности можно отметить некоторый размен, при котором Волошин в значительной степени утратил контроль над МВД. Известно, что при Рушайло Волошин достаточно эффективно контролировал министерство, например, жестко регулировал процесс создания Комитетов криминальной милиции в регионах.

Неожиданностью для многих стало перемещение Бориса Грызлова с поста руководителя думской фракции «Единство» на пост министра внутренних дел. Для самого Грызлова это — несомненное статусное повышение. В то же время, в данном случае, ситуация противоположна происшедшему с Сергеем Ивановым. Грызлов, возглавлявший конкретный участок работы, был направлен на «политическую работу» в чуждое, корпоративно-солидарное ведомство. По некоторым данным, фигура Грызлова, как кандидата на пост министра, появилась во многом усилиями давних знакомых нынешнего министра внутренних дел Дмитрия Козака и Николая Патрушева, стремящегося контролировать деятельность МВД.

Вместе с тем, повышение Грызлова было выгодно руководству Администрации Президента РФ (Волошин, Сурков), так как без Грызлова фракция «Единство» потеряла прямую связь с так называемой «питерской группой» в АП и стала еще более управляемой. Это подтверждается апрельскими выборами нового руководителя фракции — вопреки ожидавшемуся назначению Франца Клинцевича (поддерживавшего инициативы Грызлова), пост достался бывшему спикеру магаданской областной думы Владимиру Пехтину.

Назначения «второго эшелона», последовавшие за сменой министра, стали, по некоторым данным, «обкаткой» новой конфигурации руководства ведомствами — политический министр — технический заместитель.

В полной мере это применимо лишь к МВД, где заместителем Грызлова стал заместитель секретаря СБ Владимир Васильев. В данном случае политического министра дополнил профессионал. В свое время, у Васильева сложились непростые отношения с В.Рушайло, есть версия, что он в качестве первого заместителя готовился к массовому отстранению «рушайловцев» в МВД. По завершении этого процесса, планировалось, что «политический» министр Грызлов уступит место профессиональному милиционеру Васильеву. Позже, правда, появилась еще одна кандидатура на пост министра — Рашид Нургалиев из ФСБ (см. ниже).

Практически предрешена была отставка некогда всемогущего Владимира Козлова, первого заместителя Рушайло (отставка состоялась 5 апреля 2001 года). Об этом косвенно говорила и коммерческая активизация членов семьи Козлова, в частности, его жены.

Еще два ведомства — ФСНП и Министерство по налогам и сборам — получили в качестве заместителей руководителей «смотрящих» из числа спецслужбистов.