Единственный, кто не очень робел перед Юлием, был кардинал Джованни Медичи, делавший ставку на папу в надежде, что с его помощью удастся изгнать поддерживаемого французами ненавистного гонфалоньера Содерини и вернуть себе власть над Флоренцией. Вот почему он старался выслужиться перед Юлием и, возглавив судейскую коллегию по делу папского племянника Франческо Мария делла Ровере, добился оправдания человека, убившего не кого-нибудь, а кардинала! Надо было действительно постараться, чтобы вопреки всем нормам права оправдать убийцу. Но кардинал Медичи сознавал, что пока ему рано делать какие-либо шаги к вожделенному папскому престолу. Он не спешил, ибо время его не пришло, и всячески потакал папе, исполняя любое его поручение. Именно он подсказал папе взять в заложники подростка, сына несговорчивого мантуанского правителя.

После похорон сестры Юлий II сдал и болезнь уложила его в постель. Ватикан всполошился в ожидании дальнейших событий. В коридорах дворца открыто обсуждали, кто придёт на смену. Послы, аккредитованные при Ватикане, слали своим правителям депеши с подробным описанием обстановки. Так, из последней февральской депеши венецианского посла стало известно, что папа потерял аппетит, довольствуясь лишь двумя яйцами всмятку, и отказывается от услуг врачей, не разрешает даже прощупать себе пульс.

Юлий II и без врачей знал о своём истинном состоянии. Его особенно беспокоил вопрос о преемнике, и он успел подписать специальную буллу, одобренную созванной Консисторией, в которой любому, кто попытается с помощью симонии домогаться папского престола, грозит отлучение от Церкви. Лёжа в постели, он продиктовал церемониймейстеру монсеньору де Грассису чёткие распоряжения о том, в какие одежды должен быть облачён после кончины. Даже свою смерть папа хотел превратить в политический триумф Церкви.

В воскресенье 20 февраля 1513 года Рим облетела весть, что у папы началась агония. Тысячи римлян, подгоняемых порывами холодного ветра, устремились к площади Святого Петра. Здесь уже собралась несметная толпа паломников со всей Европы. Взоры собравшихся были обращены к окнам Апостольского дворца в надежде на чудо. Так уж издавна повелось, что смерть или избрание нового папы неизменно превращали Вечный город в центр мира. Те, кому удалось протиснуться в собор, стояли на коленях перед микеланджеловской Пьета́, молясь за папу Юлия. Но чуда не произошло, и раздался заунывный протяжный звон всех римских базилик и церквей, возвестивший Urbi et orbi о кончине Юлия II в возрасте семидесяти лет.

Вот что отметил в своём дневнике монсеньор Парис де Грассис: «За те сорок лет, что я живу в Риме, мне ни разу не доводилось видеть такого стечения народа, вызванного смертью папы. Знать и простолюдины, взрослые и молодёжь — все хотели приложиться к руке покойного понтифика несмотря на сдерживающее оцепление швейцарских гвардейцев. Люди сквозь рыдания молились за упокой души папы Юлия, который был для них истинным викарием Христа, надёжным щитом правосудия, укрепившим устои церкви и обуздавшим тиранов больших и малых». В скорбящей толпе был и Рафаэль с учениками.

Совсем по-иному смерть папы восприняла Европа. Например, вскоре из-под пера Эразма Роттердамского вышла сатирическая брошюра, озаглавленная Iulius exclusus et coelis («Юлий низвергнутый с небес»), в которой святой Пётр потребовал от почившего в бозе папы отчёт за развязанные им войны, симонию, содомию и прочие неблаговидные деяния за годы его десятилетнего правления.

Но для мира искусства это была большая потеря. Особенно остро её ощутил Микеланджело, так как смерть папы поставила его в затруднительное положение с проектом гробницы, работа над которой была временно приостановлена, и теперь решение вопроса зависело от наследников.