Когда в новом качестве Рафаэль появился на стройке, первый, кого там встретил, был приставленный ему в помощь Антонио Сангалло-младший, его ровесник. Вынув из папки чертежи, он принялся горячо доказывать, что прежний проект никуда не годится и должен быть решительным образом отвергнут как ущербный. Рафаэль никак не ожидал столь резкого начала разговора, хотя сознавал, что разработанный Браманте проект собора в форме греческого креста с абсолютной симметрией по двум осям нуждается в дальнейшей доработке, но вовсе не должен быть перечёркнут как таковой.

— Коллега, — спокойно сказал он, выслушав Сангалло, — прежде чем отвергать, представьте ваши соображения, и тогда станет ясно, кто прав.

Отношения с Сангалло не сложились с первых дней, поскольку тот так и не смог предложить ничего дельного, кроме огульной критики. Проект Браманте был глубоко продуманным до мелочей и целостным, передающим идею движения, и его переделка представлялась Рафаэлю чрезвычайно сложной. Он понимал, что необходимо придать собору, как того требовала традиция, более привычную для богослужения базиликовую форму латинского креста за счёт присоединения к основному ядру удлинённой трёхнефной западной входной части, ограниченной прямоугольными очертаниями. Такой, более спокойный облик соответствовал натуре самого Рафаэля. Он набросал рисунок фасада собора, каким тот ему виделся.

Несмотря на открытое противодействие со стороны самонадеянного флорентийца, Рафаэлю удалось в течение четырёх лет укрепить основание. Он сдерживал пыл помощника и терпел его на стройке, поскольку самому приходилось заниматься множеством других неотложных дел и проектов. Фактически его участие в возведении собора Святого Петра ограничилось только проектированием, которое он успел завершить, а четыре мощные опоры для купола, возведённые Браманте, так и остались возвышаться над стройкой. После смерти Рафаэля все его начинания были сведены на нет Сангалло, и в течение четверти века стройка была в руках флорентийцев — непримиримых противников Браманте и Рафаэля, и по сути дела мало что было сделано путного. Когда проект достался другому сопернику-флорентийцу — Микеланджело, тот, надо отдать ему должное, после внимательного изучения и вопреки питаемой неприязни к Браманте вернулся к его идее, более соответствовавшей своей порывистой натуре, не терпевшей плавных спокойных линий. Позднее в письме флорентийскому скульптору Амманати он признал: «…должно согласиться, что Браманте понимал архитектуру не хуже кого бы то ни было из мастеров, живших от времён древности до наших дней».

Тем временем события приняли неожиданный оборот. В начале 1515 года умер Людовик XII и власть наследовал не отказавшийся от притязаний на итальянские земли Франциск I, который первым делом принялся укреплять позиции в Милане и Ломбардии. Медлительный Лев X, которого покойный Юлий в шутку называл «Его преосвященская Осторожность», на сей раз стал действовать решительно, заботясь прежде всего об усилении своего семейного клана. Так, кардинал Джулио Медичи, внебрачный сын дяди Джулиано, брата Лоренцо Великолепного, убитого во время заговора Пацци, намечался им на пост короля Неаполя, где испанский правитель не пользовался поддержкой. Больной чахоткой родной брат Джулиано заменил герцога Франческо Мария делла Ровере на посту главнокомандующего папским войском, а племянник Лоренцино, сын утонувшего старшего брата Пьеро Медичи, должен был стать новым владельцем Урбинского герцогства. Когда-то кардинал Джованни Медичи выгородил убийцу кардинала Алидози, добившись его оправдания, но теперь, став папой, он мог с полным правом припомнить ему былое и лишить его владений, вернув их под юрисдикцию Ватикана.

Между Римом и Парижем начались переговоры. Обе стороны были заинтересованы в налаживании добрососедских отношений, поскольку военные расходы опустошали казну.