Судьба Рунина впоследствии также была попыткой спастись, выжить под пристальным наблюдением органов. Он постоянно менял работу, переходя из газеты в газету и не задерживаясь ни в одном журнале, старался «не высовываться» и не только боялся сам, но и поразительно чувствовал страх в душах своих товарищей.

В «писательской роте» он встретил Александра Бека, автора знаменитого «Волоколамского шоссе», который производил странное впечатление человека, существующего под маской простодушного шута, этакого бравого солдата Швейка, однако Рунин проникся к нему абсолютным доверием, чувствуя, что при нем можно говорить обо всем. «А за этой напяленной на себя шутовской личиной кроется отчетливое понимание глубинной природы вещей, уродливых политических установлений, окружающей тотальной лжи. И, конечно же – страх. Постоянный, тщательно запрятанный, бесконечно чуткий страх. За свое нерусское – не датское, не то еще какое то происхождение. За свое неистребимое и потому опасное чувство иронии. За свое тонкое и острое понимание механизма власти с ее беззаконием, с ее произволом. Да мало ли за что!.. Ведь Бека, надо думать, не раз пытались завербовать в осведомители, пока он не заслонился от этой страшной напасти напускной наивностью, нелепостью своих чудачеств» .

Рунин подробно рассказывал в воспоминаниях, как оперативник из СМЕРШа не раз подступал к нему с требованиями доносить на товарищей. Так же обрабатывал он и его однополчан по фронтовой газете Волховского фронта. Подобную историю пережил критик Федор Левин (тот самый, что был редактором сборника Пастернака, а до этого работал в разогнанном журнале «Литературный критик»). Будучи военным журналистом в газете «В бой за Родину», редакция которой располагалась на окраине Беломорска, Левин имел неосторожность при трех литераторах (драматурге, поэте и прозаике) высказать мнение, что война будет иметь затяжной характер и что еще долго наша армия будет отступать. На следующий день его арестовали: ему грозил расстрел за пораженческие настроения. Какое то время он ходил на общие работы, но вскоре в дело вмешался прикомандированный к газете писатель Геннадий Фиш, подлинную партийную ответственность вызволивший товарища из беды. В конце войны Рунин пришел к начальнику разведки Карельского фронта за интервью, и когда тот, узнал, что он из Союза писателей, то брезгливо поморщился: «Ненадежный вы народ», – сказал начальник. А потом, смягчившись, рассказал Рунину, как друзья писатели бросились наперегонки сдавать своего товарища в СМЕРШ и как того чудом спасли.

В 1949 году, когда и Федор Левин, и Борис Рунин подверглись нападкам уже за «космополитизм» (Рунина обвиняли «за связь» с главным космополитом Юзовским и Гурвичем), они случайно встретились на улице, разговорились и решили выпить как фронтовики. Им было что вспомнить, говорили о трибунале, исключении из партии, чудесном вызволении, и в завершение Федор Левин сказал: «Но ведь из сердца они у меня партийный билет не отберут!»

Борис Рунин писал, что той патетической фразой Левин перечеркнул всю теплоту их встречи. Глубина поражения психики даже у честных и столько раз битых товарищей была огромной.

Рунин рассказывал в своей книге, как уже после смерти Сталина его вызывали в КГБ и пытались вербовать именно на основании того, что он «скрывал» от органов свою связь с родственником Троцкого. Любого рода «темные места» в биографии могли сделать человека осведомителем. Но уникальный опыт Рунина – в постоянном утекании от органов, умении просчитывать их игру заранее, в жуткой шахматной партии, которую он не по своей воле всю жизнь играл с властью.