Столкновения между правоведами и обличителями начались буквально с первых дней. Когда военный следователь полковник С. А. Коренев после подробного ознакомления с делом бывшего военного министра генерала М. А. Беляева доложил Комиссии, что «ничего сугубо преступного найти не смог», и предложил его освободить из-под ареста, то разыгралась скандальная сцена. «Как освободить? — взорвался бывший адвокат Муравьев. — Да вы хотите на нас навлечь негодование народа. Да если бы Беляевы даже и совсем были бы невиновны, то теперь нужны жертвы для удовлетворения справедливого негодования общества против прошлого. А за бывшим военным министром все-таки имеется большой грех — его угодливость перед властями предержащими. За это одно его надо сгноить в тюрьме». Ясно, что при такой «правовой философии» о справедливом разбирательстве, казалось, не могло быть и речи. Однако в работе Комиссии участвовали многие юристы с многолетним стажем, имевшие четкие представления о профессиональной этике. Они не могли и не желали выполнять политический заказ.

Особенно ярко это проявилось в вопросе о признании «виновности» царя. Правоведы твердо стояли на позиции закона, согласно которому монарх не мог ни в какой форме не только привлекаться к суду, но против него вообще не могло выдвигаться обвинений. Антрепренеры же расследования, понимая, что с точки зрения юридической добиться вердикта невозможно, хотели все-таки уличить царя в противогосударственной деятельности, вынести морально-исторический приговор. Как вспоминал заместитель председателя Комиссии сенатор С. В. Завадский, «Муравьев считал правдоподобным все глупые сплетни, которые ходили о том, что царь готов был открыть фронт немцам, а царица сообщала Вильгельму II о движении русских войск».

Для документирования этих «истин» использовались самые сомнительные приемы. В одной бульварной газете было опубликовано несколько якобы тайных телеграмм, которые отправлялись в Германию через нейтральные страны и где содержались указания на переправку секретных сведений германскому командованию. Сии послания были подписаны «Алиса», и ни у кого не должно было возникнуть сомнений, что эти депеши исходили от царицы. Увидав эти «документы». Керенский немедленно потребовал провести «тщательное расследование», а Муравьев просто сиял от радости. Вот они, факты! Вот она, измена! Несколько дней глава Комиссии только и вел разговоры об этих «неопровержимых уликах». Расследование же окончилось грандиозным конфузом.

Выяснилось, что один молодой, начинающий журналист очень хотел прославиться и «сделать сенсацию». С этой целью он очаровал телеграфистку с городского телеграфа и попросил помочь найти интересные материалы, обещая в награду коробку конфет. Молодая барышня, не долго думая, составила несколько таких телеграмм, передала своему поклоннику и получила сладости. Когда началось следствие, немедленно призвали журналиста, затем телеграфистку, и та, расплакавшись, сразу же призналась в фабрикации. Подделка была установлена с несомненностью, но Муравьев все никак не мог успокоиться и даже хотел уговорить телеграфистку взять свое признание назад. Его все-таки убедили не покрывать Комиссию позором, так как грубость подделки сразу же бросалась в глаза.

Такого. же «высшего качества» были и прочие «изобличающие сведения»: несколько недель изучали версию о шпионском телефонном кабеле между Царским Селом и Берлином, искали подтверждение слухам о тайных визитах эмиссаров кайзера в Петроград, разыскивали царские приказы об установке на чердаках домов тысячи пулеметов, из которых «расстреливали народ». В итоге не только не обнаружили никакого приказа, но даже ни одного пулемета не нашли. Однако правду не оглашали.