Сама природа сделала бухту Балаклавы идеальным укрытием для военного флота. Узкая полоска воды, причудливо изгибаясь двумя поворотами в форме латинской буквы «S», врезается в берег на 800 м. Причем глубина здесь достигает 17 м. На входе в бухту скалистый берег делает несколько поворотов, поэтому со стороны открытого моря гавань вообще не заметна. С обеих сторон бухта зажата невысокими, но достаточно крутыми скалами. Внешне очень напоминает знаменитые фьорды Норвегии, но уменьшенного масштаба. Однако происхождение бухты никак не связано с ледником. Это «работа» геологического разлома меридианного направления. Именно древнему разлому и обязан Севастополь своими бухтами Корабельной, Стрелецкой и многими другими. И именно наличие таких глубоких, защищенных от стихии гаваней и привлекало во все времена в эти места морских торговцев, пиратов, воинов. В здешних спокойных водах никогда не бывает даже малейшего волнения.

Бухта исчезла с карт почти на пятьдесят лет. Въезд и выезд в Балаклаву контролировался подразделением военной контрразведки. Все местные жители прошли по одному, а то и по нескольку собеседований с сотрудниками госбезопасности. На территорию Балаклавы возможно было попасть, только если в паспорте была проставлена соответствующая прописка. Для остальных въезд был по пропускам и на ограниченный срок. Все окрестные сопки буквально кишели «грибниками» в штатском. Фотографировать строжайше запрещалось. Если на сопке встречали человека с фотоаппаратом, то пленку тут же изымали, а человек попадал в Особый отдел на беседу.

Подземный комплекс общей площадью около 15 тыс. м² был спроектирован ленинградским проектным институтом «Гранит». В 1947 году проект завизировал Сталин, однако строительство основной части комплекса началось уже после смерти генсека — в 1953 году. Для проведения работ был сформирован специальный горно-строительный отряд Черноморского флота. Отряду было поручено вести первый этап строительства подземного убежища. Следом за военными в Балаклаву приехали строители; участие гражданских специалистов было обусловлено сложностью бурения горных пород. Гора Таврос, в недрах которой расположился секретный объект, состояла из прочного мраморовидного известняка.

В 1956 году было создано Строительное управление 528. Везде были только цифры, и никаких названий. Номер строительного управления был выбран из трех цифр, входящих в номер «Объекта 825 ГТС», только их переставили местами. По личному распоряжению Никиты Хрущева в стройуправление вошли специалисты Метростроя из Москвы, Харькова и имеющие опыт горнопроходческих работ на Кавказе строители из Абакана.

Материально-техническая база СУ 528 располагалась в Балаклаве в 3 км от основных работ. Территория базы была обнесена изгородью из колючей проволоки. Там находились центральный материальный склад, бетонный цех со складом цемента и песка, мастерская монтажно-механического участка, автогараж и склад горючего, лесопильный и столярный цех со складом лесоматериалов.

В распоряжении стройуправления имелся центральный склад взрывчатых веществ, расположенный на горе за базой, и раздаточный склад ВВ, в районе основных работ.

Строительство велось круглосуточно, в три смены, буровзрывным методом. Бурились шурфы, в них закладывался взрывчатый заряд, разрушающий породу на нужной глубине. Грунт вывозили, внутри образовавшейся штольни строили опалубку для бетона. Существенный недостаток буровзрывного метода заключался в слабопредсказуемой форме штольни и, как следствие, необходимости возводить опалубку переменной толщины. Поэтому толщина обделки стен и сводов сооружения в среднем составляла 1,5 м, а на отдельных участках достигала 3 м. После вывоза грунта рабочие устанавливали металлический каркас. Затем его дополняли деревянными элементами и, наконец, забивали бетоном марки «М 400».