Был еще один инцидент, который заставил понервничать каждого участника испытаний. Ту-4 с аналогом, который должен был пилотировать Амет-Хан Султан, двигался со стороны Керченского полуострова в сторону Белогорска. Целью испытаний была отработка входа самолета-снаряда в луч PЛC-носителя. Оператор снаряда, находясь на борту Ту-4, проверял системы управления аналога. Он спрашивал летчика-испытателя, как тот оценивает работу приборов, зажглась ли та или иная лампочка. В тот раз проверка затягивалась: оператор снаряда, которого звали Александр Шевелев, был донельзя дотошен. Носитель уже пролетел Белогорск, а когда оставалось километров двадцать до Симферополя, командир экипажа приказал развернуть Ту-4 в сторону мыса Чауда.

Неожиданно бомбардировщик тряхнуло. Шевелев выглянул в иллюминатор и увидел, что СДК на подвеске нет. Аналог падал с выключенными двигателями с высоты 3000 м. Связи у носителя с отделившимся СДК не было, на Ту-4 поднялся переполох. Оператор не мог случайно запустить аналог в «свободный полет»: клавиша отцепки была под колпачком, не подняв который нажать ее было невозможно.

С КП аэродрома пришел приказ возвращаться. Ту-4 повернул на Багерово.

Летчики-испытатели, чтобы показать, что полет прошел нормально, перед заходом на посадку делали вертикальную «свечку». На сей же раз Амет-Хан Султан сел без воздушных пируэтов. Ничего не ответив подбежавшим обеспокоенным авиамеханикам, он пошел на доклад к командованию.

Летчику удалось совершить невозможное: за 2 минуты, которые длилось падение, он сумел оживить аналог, набрать скорость и вывести его из траектории падения в нескольких метрах над морем, а потом вернуться на аэродром.

Отвечая на вопрос, как получилось так, что аналог отделился сам по себе, Амет-Хан рассказал следующее: ему было скучно, пока тянулась проверка, которую проводил зануда оператор. Зная, что приборы обесточены, «от нечего делать» он стал нажимать на все кнопки подряд. Однако клавиша отцепки в кабине аналога была всегда под напряжением, как аварийная.

К периоду испытания «Комет» относится и следующая байка. За первые полеты на самолетах-снарядах пилотам платили солидную по тем временам сумму. Однако когда испытания стали рутиной, на летчиках-испытателях решили сэкономить, существенно урезав им жалованье. Поскольку документ, определяющий сумму вознаграждения, подписывал лично Сталин, то его откорректированный вариант пришлось тоже подавать на подпись вождю. Когда Амет-Хану Султану предложили завизировать бумагу перед отправкой в Москву, ас написал: «Моя вдова не согласна». Вождь вернул документ со своей резолюцией: «Согласен с вдовой Амет-Хана Султана». На этом вопрос был исчерпан, и говорить об уменьшении жалованья летчиков-испытателей никто больше не рискнул.

Всего на самолетах-дублерах «Кометы» было выполнено 150 пилотируемых полетов. Испытания «Кометы» закончились в ноябре 1952 года. Крейсер «Красный Кавказ» был разоружен и обращен в мишень. Топить старое военное судно никто не хотел, поэтому тест решили проводить с самолетом-снарядом, несущим инертную боевую часть. Пуск «Кометы» был произведен с Ту-4 из района мыса Меганом по мишени, находящейся на расстоянии 80 км в акватории «Песчаной Балки». «Комета» попала в борт мишени, и, несмотря на инертную боевую часть, в считанные минуты пустила крейсер ко дну.

Позднее, Серго Берия, присутствовавший на испытаниях первой атомной бомбы, вспоминал: «Впечатление, безусловно, сильное, но не потрясающее. На меня, скажем, гораздо большее впечатление произвели испытания нашего снаряда, который буквально прошил крейсер „Красный Кавказ".