В 1806 году в ее составе появляются первые терапевтическая и хирургическая клиники. С 1808 по 1838 год президентом академии был лейб-медик императорского двора баронет Яков Васильевич Виллие, полвека возглавлявший медицинскую службу Русской армии. Более 500 воспитанников академии под его руководством принимали участие в Отечественной войне 1812 года и вызвали своим искусством благодарность императора Александра I и восторг и уважение знаменитых хирургов Наполеона Перси и Ларрея.

По инициативе знаменитого хирурга Николая Ивановича Пирогова в 1841 году в ИМХА была учреждена кафедра госпитальной хирургии, и тогда же создается кафедра госпитальной терапии, что было важной вехой в развитии высшего медицинского образования в России. И также впервые в России были учреждены кафедры и клиники: офтальмологии, психиатрии, оперативной хирургии с топографической анатомией, педиатрии, гигиены, общей и экспериментальной патологии или патологической физиологии, оториноларингологии, общего учения о заразных болезнях с практическим курсом бактериологии, ортопедии.

А учредив в 1872 году «Особый женский курс для образования ученых акушерок», академия явилась инициаторо