Особенно остро складывалась ситуация на Кавказе. Здесь исламские силы были менее организованы. Зато здесь же располагался один из самых жарких очагов революционного и национального движений. Дело усугубилось, когда зимой 1905-го вспыхнула армяно-азербайджанская резня. Её называли армяно-татарской, поскольку в царской России азербайджанцы официально именовались закавказскими татарами. Участие протурецких сил в этом и во всех последующих армяно-азербайджанских конфликтах, менее всего имеющих под собой религиозную почву, является доказанным фактом.

От Чёрного моря до Каспийского гремели баррикадные бои, митинговали и бастовали рабочие, среди которых уже тогда имелось растущее количество мусульман коренных национальностей. Но горцы пока отмалчивались, хотя национальные настроения у них заметно оживились. Наибольшая часть мусульманского населения была сосредоточена в горных районах и предгорьях. Но различные партии пока ещё не охватили горцев своей работой. В отличие от времён имама Шамиля мусульманское духовенство Северного Кавказа и Закавказья в этой борьбе тоже участвовало слабо.

Тем не менее, осетины Алагирской долины и чеченцы Веденского округа доставили властям особенно много хлопот. Около 5 тысяч вооружённых осетин разгромили госучреждения, освободили арестованных, сожгли захваченные документы. Это восстание с трудом было подавлено крупными армейскими силами с артиллерией. Чеченцы, изгнав назначенных правительством старшин, более года жили самостоятельно, создав своеобразный вольный джамаат. Только в декабре 1906-го правительственные войска разгромили «Веденскую республику». Многие крестьяне бежали от царских репрессий в горы, поэтому в эти годы в Чечне и Ингушетии расцвело абречество.

Застрельщиками громких протестов в различных районах Туркестана выступали, несмотря на их малочисленность, русские рабочие, вокруг которых концентрировалась городская и сельская мусульманская беднота, мардикоры — т. е. батраки и разнорабочие. Эта специфическая черта революции 1905–1907 годов не имела аналогов в других регионах российского мусульманства. Даже те байско-клерикальные круги Средней Азии и национальная интеллигенция, что приняли то или иное участие в революции, играли за малым исключением гораздо более консервативную роль, чем их кавказские и поволжские единоверцы. Ни о каком свержении монархического строя они не помышляли, уповая на реформы при соблюдении законности.

Часть образованных казахов, которые были воспитаны в татарских, башкирских и иных мусульманских школах (группировались вокруг журнала «Айкап») пыталась направить протестную волну по пути пантюркизма. Другая их часть, получившая воспитание в русских школах и тесно связанная со службой в административном аппарате (группировалась вокруг газеты «Казак»), была против сепаратизма и стремилась всячески ослабить революционный порыв мусульманских масс. Кое-кто из её представителей примкнул к кадетской партии и даже входил в состав ЦК.

Такой же идеологический разброд наблюдался среди узбекских и таджикских интеллигентов. Несколько иное положение касалось джадидов в Бухаре и Хиве. Здесь по-прежнему господствовал реакционнейший деспотизм феодальной власти, сохранённой царизмом для облегчения своего управления окраинами империи. Джадидская интеллигенция выступала за ликвидацию средневековых норм и внедрение более прогрессивных буржуазных порядков. Работая в подполье, в условиях жесточайшего террора, бухарские и хивинские джадиды стремились перетянуть на свою сторону все недовольные элементы.