Итак, провозглашённая в середине ноября башкирская автономия была утверждена на курултае в Оренбурге в декабре 1917 г. Там же было избрано Башкирское правительство. Завладев 18 января 1918 года Оренбургом, большевики по словам буржуазных современников поначалу отнеслись к башкирской власти нормально: позволили сохранить автономию во внутренних делах, хотя во внешней политике потребовали подчинения центру. 27 января в Совнарком была направлена от имени Башкирского правительства телеграмма, в которой говорилось о готовности к соглашению с Советской властью при условии невмешательства её в дела башкирской автономии. Однако за лояльными формулировками крылись неприглядные дела некоторых местных деятелей. В частности — Ахметзаки Валиди Тогана (Ахмет-Заки Валидова), получившего должность военного министра, хотя он был историком-востоковедом, филологом, публицистом.

В феврале 1918 года Валидов вместе с другими членами Башкирского правительства был арестован по распоряжению Оренбургского губернского и Мусульманского военно-революционных комитетов. В начале апреля он был освобождён во время налёта на город белоказаков во главе с атаманом А. И. Дутовым. (Это не помешало ему позднее участвовать в заговоре против атамана.) Вместе с контрреволюционными башкирскими отрядами Валидов присоединился к восстанию чехословацкого корпуса. Оно началось 18 мая 1918 года на огромной территории от Волги до Владивостока, через которую в нескольких десятках железнодорожных эшелонов эвакуировались солдаты и офицеры корпуса. Конечным пунктом эвакуации была Франция. Она же через свою обширную агентурную сеть в рядах корпуса, при поддержке других разведок Антанты и спровоцировала мятеж белочехов. С этого мятежа берёт начало апогей гражданской войны, которая от разрозненных военных конфликтов перерастает в полномасштабные фронтовые действия, сопровождаясь интервенцией почти полутора десятков государств.

Защитники Валидова считают, что «неудавшееся соглашение валидовцев с большевистским центром — во многом результат вла стной неразберихи». Они делают из него чуть ли не социалиста, хотя в башкирской историографии есть публикации, доказывающие, что Валидов отстаивал исключительно интересы национальной буржуазии. Сегодняшняя политическая конъюнктура заставляет многих исследователей-архивистов затушёвывать вскрытую связь этого деятеля с антисоветскими и антикоммунистическими турецкими кругами. Но имеются и довольно жёсткие оценки. Например: «Башкирские националисты во главе с Заки Валидовым пытались отколоть Башкирию от Советской России путём пропаганды Туранского царства и лозунга «Башкирия — для башкир». Татарские историки полагают, что в результате сепаратистских действий валидовцев так и не получила воплощения самая оптимальная форма федеративной государственности двух братских народов — Татаро-Башкирская Советская Республика, решение о которой было принято ленинским правительством в марте 1918 года.

Как свидетельствуют документы того времени, среди мусульман действительно усилилась тяга к интеграции на фоне раскола российского общества. Мусульманским либералам принадлежит выдвинутое ими тогда же в Казани предложение создать единую Тюркскую федеративную республику из нескольких штатов: в Крыму, Казахстане, Туркестане, Поволжье, на Урале и на Кавказе. Из этого предложения явственно торчали ослиные уши пантюркистов.

К их числу и принадлежал Ахмет-Заки Валидов — убеждённый антисоветчик, что автоматически предусматривало его антироссийскую позицию. Когда запахло жареным и стал виднеться конец белого движения, Валидов опять переметнулся к красным. И даже какое-то время был членом Башкирского ревкома. Длилось его «прозрение» недолго. После окончания гражданской войны он бежал в Туркестан, где до 1923 года организовывал басмаческое движение, прячась в Хивинском ханстве и Бухарском эмирате.

В 1925 г. по указу Ататюрка, к тому времени вовсю расправлявшегося с коммунистами, Валидов получил турецкое гражданство.