Будучи обер-прокурором Правительствующего сената, Щегловитов выполнил ряд ответственных поручений первостепенной важности, чем обратил на себя внимание Высочайшего двора. Ему было доверено выполнение прокурорских обязанностей в Особом присутствии Правительствующего сената по так называемому «Делу о злодеянии, жертвой коего пал великий князь Сергей Александрович».

Обвинительный акт был составлен Щегловитовым 23 марта 1905 года. «Злоумышленником» оказался И. П. Каляев, член боевой организации партии социалистов-революционеров. Каляева осудили и приговорили к смертной казни через повешение. Выслушав приговор, он заявил: «Я счастлив вашим приговором и надеюсь, что вы исполните его надо мною так же открыто и всенародно, как я исполнил приговор партии. Учитесь мужественно смотреть в глаза надвигающейся революции». Казнь состоялась в ночь на 10 мая 1905 года в Шлиссельбургской крепости. Пройдет время, и Щегловитов наверняка не раз вспомнит и казнь Александра Ульянова, и слова Каляева.

Иван Еригорьевич с восторгом воспринял известие о подписании государем Манифеста от 17 октября 1905 года и искренне приветствовал начавшееся в империи преобразование государственного аппарата, созыв первой Государственной думы. Он даже участвовал в выработке некоторых последовавших вслед за Манифестом законодательных актов, в частности указа от 21 октября, «даровавшего» облегчение всем государственным преступникам, или, как их стали тогда называть, «пострадавшим за деятельность в предшествующий период».

24 апреля 1906 года Щегловитов назначается министром юстиции и генерал-прокурором. На этой высокой должности оставался девять лет, несмотря на частую смену председателей Совета министров. Ему одновременно были вверены посты статс-секретаря императора, члена Государственного совета и сенатора.

Назначение Щегловитова вызвало неоднозначную реакцию. У одних сдержанную, у других – откровенно враждебную. С. Ю. Витте писал впоследствии: «Это самое ужасное назначение из всех назначений министров после моего ухода, в течение этих последних лет и до настоящего времени. Щегловитов, можно сказать, уничтожил суд».

Если в молодости И. Г. Щегловитов ратовал за судебную независимость, приветствовал демократические преобразования, то теперь, утвердившись в должности министра юстиции и генерал-прокурора, он, по словам современников, «круто повернул вправо». Он перестал считаться с принципом несменяемости судей и судебных следователей, зачастую изгонял со своих мест неугодных ему судебных работников и прокуроров, а на руководящие должности подбирал людей «более твердых, более монархически настроенных».

На одном из заседаний Государственной думы Щегловитов сказал: «Тяжелые годы смуты и политического шатания возлагали на Министерство юстиции сугубые обязанности ограждения русского суда от засорения всем тем, что отражает в себе колеблющееся, меняющееся общественное движение и настроение и партийные вожделения. Между тем общее политическое шатание не может не коснуться суда, как ни прискорбно это явление. Волны бушующих политических страстей докатились и до святой храмины правосудия…

Нападки на меня не смущают, они бледнеют и гаснут перед величием лежащей на мне обязанности охранить тот храм, который именуется храмом правосудия, во всей чистоте». Однако очевидно было, что Щегловитов уже не чувствует себя не только проводником законов и их исполнителем, но считает себя вправе относиться к нему избирательно, решая, что целесообразно в сложившейся ситуации, а что нет.

Деятельность Щегловитова подвергалась критике со всех сторон. Социал-революционеры, считая Щегловитова главным проводником репрессий в стране, вынесли ему смертный приговор и долгое время «охотились» за ним, но все их попытки не увенчались успехом.

По мнению современников, щегловитовская юстиция самым печальным образом отразилась на деятельности тогдашнего суда.