М. Рафаилов предлагал закупать ежегодно в Тибете козий пух и устроить в Петербурге казенную фабрику для выделки кашмирских шалей. Он лично брался найти в Тибете и в попутных городах торговых агентов, закупить в Тибете на первый раз не менее 50 пудов пуха и убедить кашмирского владетеля отменить запрет на вывоз пуха и шерсти из Тибета в другие страны, кроме Кашмира. В этом М. Рафаилов надеялся на близкое знакомство с кашмирским правителем и на дружбу с его визирем. Вместе с тем он обещал нанять и привезти с собой в Петербург пятерых местных мастеров по выделке и тканию шерсти, закупить все необходимые для этого дела станки и даже самому ознакомиться с техникой ткачества шалей. В будущем он предлагал устроить фабрику, на которой, кроме кашмирских шалей, могли бы производиться изделия из пуха других пород коз.

Этот план М. Рафаилова был одобрен министром финансов и при дворе. Ему было обещано за каждый пуд привезенного пуха по 100 голландских червонцев и за каждого нанятого ткача по тысяче. Предприятие это, по словам Д. А. Гурьева, «обещало России неисчислимые выгоды».

30 апреля 1820 года М. Рафаилов выехал из Семипалатинска со своим караваном. Его вел опытный караван-баши ташкентец Мулла-Мансур Мамасеитов, а до ближайшего пограничного поста Бадельдован караван сопровождал отряд из ста казаков под командой хорунжего Мокина. На пути они подверглись нападению кочевников-киргизов, отогнавших 500 лошадей, принадлежавших каравану и отряду. Казаки сумели отбить и возвратить 436 из них. Мы не знаем подробностей этой стычки: подобное никем не описывалось и было вполне обыкновенным, недостойным особого внимания делом. Но часто в результате оказывались убитые и раненые. Путников поджидали и другие тяжелые испытания — непогода, болезни. И сама смерть на караванной дороге была частым встречным, и ее появление было, конечно, страшно, но неудивительно. Мы говорим об этом потому, что данное путешествие и для М. Рафаилова тоже оказалось последним…

Но пока он и его спутники — приказчики Муса-Хан и Мухамед Зугур Зарипов (Мамзур) — более или менее благополучно прибыли в город Турфан в Восточном Туркестане, где, пробыв 20 дней, приехали затем через Аксу (где с частью товаров остался Муса-Хан) в Яркенд. Здесь М. Рафаилов в течение двух с половиной месяцев вел успешную торговлю, а потом с оставшимся товаром на 18 верховых и вьючных лошадях двинулся в Тибет.

Двадцать дней путешествие протекало нормально. Но за шесть дней до цели М. Рафаилов неожиданно заболел. Болезнь длилась три дня, и от «опухоли всего тела» он умер. Его похоронили здесь же, у дороги, которою он столько раз когда-то ездил со своими тюками. У. Муркрофт сообщает с чужих слов, что все это случилось в местечке, называемом Кара-Корум.

Имущество и товары М. Рафаилова не были разграблены, все они поступили в распоряжение его спутника Мухамеда Зугура Зарипова. Он и «товарищи его, два татарина и бухарец, достигли Тибета», где с товаров была взята пошлина, а «по объявлении ими о смерти Рафаилова начальство отобрало от них его (личное) имущество» в казну «по обычаю». Среди прочего в этом «имуществе» находились и письма российского Министерства иностранных дел.

Мухамед Зугур отправился затем в Кашмир, где вел успешную торговлю в течение десяти месяцев и разменял все товары М. Рафаилова на шали. А о возвращении его вещей из Тибета хлопотал находившийся в Яркенде кокандский посланник, который знал, по словам Ч. Ч. Валиханова, «связь Коканда с Россией и требовал от тибетского владетеля выдачи имущества Рафаилова», чтобы «незамедлительно представить» его своему хану, а уже тот передал бы его в Россию.

Вскоре же после смерти М. Рафаилова письмо из его «имущества» к Ранджит-Сингху оказалось вдруг у англичанина У. Муркрофта. По его словам, он «не испытывал больших угрызений совести», что читал это письмо, ибо о нем и его содержании знали вообще «очень многие».