Новое направление еще тяжелее отозвалось на высшей школе, которая всегда платилась за грехи общества. В царствование Александра возникли три новых университета – Казанский, Харьковский и Петербургский, первоначально образованных в виде институтов для приготовления учителей в средние учебные заведения. Средних учебных заведений в царствование Александра было много. При Екатерине еще был составлен проект средних и низших школ, оставленный неосуществленным; в начале царствования Александра этот проект был приведен в исполнение с изменениями, возник ряд гимназий и приходских школ. Для приготовления учителей в новые учебные заведения и основан был в Петербурге главный Педагогический институт, который в 1819 г. преобразован был в университет. Впервые теперь было обращено внимание на университет, но внимание это было направлено не на то, чему учили, а на то, как мыслили и чувствовали. Для того чтобы дать должное направление школе, при министерстве народного просвещения образовано было Главное управление училищ, а при Главном управлении училищ – учебный комитет, который должен был специально следить за учебными руководствами, выходящими в России. Манифестом 24 октября 1817 г. министерство народного просвещения даже соединено было с ведомством духовных дел, т. е. с ведомством Святейшего синода; министром народного просвещения и духовных дел назначен был князь Голицын. Это соединение двух ведомств объяснялось в манифесте такою целью, чтобы «истинно христианское благочестие всегда служило основанием просвещению умов». Для учебного комитета была составлена инструкция, в которой указывалось, какое направление должно было получить народное образование. Последнее должно быть направлено к тому, чтобы «посредством лучших учебных книг водворить постоянное и спасительное согласие между верою, ведением и разумом», т. е. между религиозным сознанием, между образованием умственным и между порядком политическим. Эти добрые начала, которые составляют идеал всякого образования, практически были разработаны так, что «вера, ведение и разум» почувствовали себя еще большими врагами, чем прежде.

В числе бойких сотрудников Сперанского во время его деятельности в Государственном совете был некий Магницкий, кончивший курс не без успеха в Московском университете, а потом служивший в гвардейском Преображенском полку. Магницкий этот пал вместе со Сперанским в 1812 г., но потом раскаялся в своих увлечениях и, заняв должность симбирского губернатора, показал большую ревность в противоположном, нелиберальном направлении. Эта ревность не по разуму послужила даже причиной потери губернаторского места. Почуяв перемену ветра, Магницкий поступил на службу по министерству просвещения и стал членом Главного управления училищ. До министра дошли слухи о том, что преподавание в Казанском университете идет по ложной дороге; назначена была ревизия университета и ревизором послан Магницкий. Он налетел на университет, пошарил кое‑что, пробыл всего шесть дней в Казани и, воротившись, доложил, что университет по всей справедливости и строгости законов подлежит уничтожению, притом в виде публичного его разрушения.