Московский патриарх скромно писался в грамоте после Иеремии Константинопольского, но это не значило, что он считал себя вторым во Вселенской церкви. От имени Иеремии заявлялось, что два Рима — Рим и его преемник Константинополь — пали, и «великое Российское царствие, Третий Рим, благочестием всех превзыде». Соответственно митрополит Монемвасийский Иерофей был поставлен в списке участников освященного собора после трех русских митрополитов, архиепископа Арсения Елассонского вообще забыли упомянуть (хотя он подписал грамоту последним из архиепископов), греческих архимандритов и игуменов записали также далеко не на первых местах.

В своих пределах московские духовные и светские власти могли, конечно, творить все, что угодно. Они даже не удосужились перевести Уложенную грамоту на греческий, когда давали ее подписывать Константинопольскому патриарху и его приближенным. Иерофей Монемвасийский вздумал было возражать, опасаясь, что Московский патриарх признается в грамоте вышестоящим по отношению к грекам: как бы «не разделилась Церковь и не стало в ней другой главы и великой схизмы», — предупреждал он.

Действительно, был слух, что Иеремия передал царю Федору Иоанновичу свое отречение от сана и патриарший посох, а Иов был наречен патриархом «Константинопольским и Сионским со всею властью, принадлежащею сему патриаршему престолу . Как бы то ни было, митрополит Иерофей вынужден был подписать грамоту (по его словам — под угрозой утопления в реке). Зато после подписания он вместе с другими спутниками Иеремии был щедро одарен.

Долгая осада Константинопольского патриарха и поведение Монемвасийского митрополита свидетельствовали, что при утверждении новой патриархии православным Востоком может возникнуть серьезное сопротивление. Выпустив Иеремию из России, его следовало держать на золотой цепи. Даже когда патриарх пересек границу, его нагнал царский посланник с дополнительным денежным пожалованием, грамотами от царя и Годунова, обещавшими дальнейшие милостыни.

Особая грамота была направлена турецкому султану. Царь Федор Иоаннович просил его, во имя дружбы между государствами, «держать патриарха Иеремию в бережении, по старине, во всем». Московское правительство не желало, чтобы Иеремия был свергнут прежде, чем соборно утвердит учреждение нового патриаршества. Соответствующую грамоту восточных иерархов привез в Москву митрополит Тырновский Дионисий только в июне 1591 г.

Константинопольская Уложенная грамота о русском патриаршестве была подписана Иеремией, Антиохийским патриархом Иоакимом, Иерусалимским патриархом Софронием, 42 митрополитами, 19 архиепископами и 20 епископами в мае 1590 г. Она сильно отличалась от московской грамоты прежде всего тем, что восточные архиереи отводили Московскому патриарху последнее, пятое место, после патриарха Иерусалимского.

Об этом прямо говорилось в грамоте царю Федору Иоанновичу: «Признаем и утверждаем поставление… патриарха Иова, да почитается и именуется он впредь с нами, патриархами, и будет чин ему в молитвах после Иерусалимскаго». В грамоте к Иову восточные патриархи с освященным собором писали: «Имеем тебя всегда нашим братом и сослужебником, пятым патриархом, под Иерусалимским», — и предлагали признавать Константинопольского патриарха «начальным» себе.

Особую грамоту патриархи и собор адресовали Годунову, осыпая его благодарностями. Тот же Дионисий Тырновский привез и личные послания Иеремии царю, царице, Иову и Годунову, каждое из которых содержало просьбы о денежных пособиях, обещанных ему за выполнение поручения. В Москве, однако, с беспокойством заметили, что поручение выполнено не до конца: Уложенная грамота не имела подписи второго по значению в Восточной церкви Александрийского патриарха.