В самое штормовое время, в апреле, взял Никон мощи Филиппа митрополита на Соловках, и под плач монахов тронулся с ними к Москве. Не остановили его ветры и морские валы, речные супротивные течения и дорожные грязи. Всюду по дороге в городах и селах выходили встречать святые мощи люди с крестами и иконами. В окружении толп, как триумфатор, двигался Никон к столице. И в разгар шествия получил митрополит Новгородский сообщение от самого царя Алексея, что умер занимавший предназначенное Никону место патриарх Иосиф, «ожидаем тебя, великого святителя, к выбору».

Не как удобный великому государю кандидат в патриархи пришел он тогда к Москве, но как завоеватель с непобедимым оружием — благодатью Божией и мощами святого Филиппа, чтобы заставить власть светскую всенародно покаяться в притеснениях и оскорблениях, какие она нанесла власти духовной.

Огромные толпы народа вышли встречать святые мощи. Все духовенство, включая крайне дряхлого владыку Ростовского и Ярославского Варлаама, двинулось навстречу Никону. Варлаам скончался, немного не дойдя до мощей. Царь Алексей Михайлович со своим двором не отставал от духовенства, подавая пример благочестия.

И по прошествии десятилетий Никон с восторгом вспоминал, как царь в присутствии бояр, духовенства и бесчисленного множества народа целовал мощи Божьего угодника и приветствовал их «пришествие» в Москву, «чтобы разрешить согрешение прадеда нашего, царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя (Филиппа. — А. Б.) неразсудно завистию и несдержанною яростию» .

Преемник кровавого тирана на царском престоле признавал конечную победу мученика над мучителем, духовного пастыря над светским владыкой. «Преклоняю сан свой царский, — обращался Алексей Михайлович к митрополиту Филиппу, — за согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение своим к нам пришествием, да уничтожится поношение, которое лежит на нем за твое изгнание; пусть все уверятся, что ты примирился с ним. Умоляю тебя и честь моего царства преклоняю пред честными твоими мощами, повергаю к молению всю мою власть, приди и прости оскорбившего тебя напрасно…

Оправдалось на тебе, — продолжал царь речь к мощам, — евангельское слово, за которое ты пострадал, что всякое царство, разделившееся внутри себя, погибнет; и теперь у нас нет прекословящих тебе, нет ныне в твоей пастве никакого разделения». И следом за покаянием перед Филиппом митрополитом самодержец просил благословения у Никона митрополита. Никон с мощами вступил под своды кремлевского Успенского собора, куда три дня непрерывно шли толпы народа, исцеляясь у раки святого и от возлагаемых рук Новгородского митрополита, прославляя двух митрополитов — почившего и ныне здравствующего.

Богатые дары получил Никон от государя — села и деревни в доход новгородского Софийского дома — резиденции митрополитов, множество одежд, вид которых мог вспомнить и в старости… Главная же награда — поистине, думал Никон, заслуженная — воспоследовала 25 июля 1652 г., когда на новгородское подворье в Москве явилась к митрополиту толпа духовных и светских чинов звать в Успенский собор вновь избранного патриарха.

«Как они тогда удивились, — усмехнулся старец, предавшийся воспоминаниям, — когда я отказался идти. И в другой раз отказался, и в третий, еще решительнее. Пришлось царю послать своих величайших бояр, чтобы и против воли меня привести, — тогда пришел. Каково–то было гордому царю со всем народом молить меня много, чтобы изволил я стать патриархом Московским и всея Руси. Я же, называясь смиренным, и неразумным, и недостойным пасти стадо овец Христовых, отвечал отказом, доколе царь мне не поклонился до земли и не пал на колени со всем народом, со слезами моля — да буду верховным пастырем всему государству.