Сложнее было «обработать» родственников царевича — Нагих. От показаний матери — царицы Марии — пришлось отказаться вообще, хотя с них полагалось начать обыск. Михаил Нагой упорно стоял на том, что царевича зарезали Волохов, Качалов и Битяговский, и не поддался на коварный вопрос о падучей болезни. Пришлось во все последующие расспросные речи писать, а в некоторые предшествующие — вставлять указания, что именно Михаил Нагой, а не мужики–угличане, поднял восстание против царских представителей. Хотя времени было и немного, компрометирующих материалов на Михаила было набрано столько, что они составили чуть не половину дела. Заодно возвели обвинения и на царицу Марию.

Допрос Андрея Нагого провел лично дьяк Елизарий Вылузгин. Располагая показаниями Волоховой, дьяк навел Нагого на долгий разговор о болезни царевича, о том, как она проявлялась. Это было тщательно записано. А вот о смерти царевича Вылузгин спросил коротенько и написал как бы между прочим: «А сказывают, что его (царевича. — А. Б.) зарезали, а он тово не видел, хто его зарезал». Получалось, будто свидетель и не уверен в своем мнении! Эта форма: «а того не ведают», — применялась комиссией при записи речей всех свидетелей, утверждавших, что царевич был убит. Отказался принять ее только Михаил Нагой.

Большой удачей Шуйского было признание версии о самозаклании третьим Нагим — Григорием. На него тоже начали было собирать компрометирующие материалы, но Клешнин уговорил своего зятя не совать голову в петлю, подумать о молодой жене и т. д. Так что в итоге комиссия постаралась полностью снять с Г. Нагого обвинения, хотя в угличской «смуте» он был явно замешан больше, чем М. Нагой.

Угличское «всенародство», убежденное в том, что Дмитрия убили по приказу Годунова, Шуйского не интересовало: общение с ними он предоставил карателям. К сожалению боярина, он не мог вовсе обойтись без речей духовных лиц, а они, как назло, в большинстве своем смело утверждали, что знают об убийстве царевича. Часть таких показаний пришлось поместить в свиток, утопив их в середине дела и перемешав с противоположными показаниями.

Проведя обыск в кратчайший срок, Шуйский с товарищами перетасовал материалы дела и для верности переписал часть «речей». В начале, которое хорошо воспринимается слушателями, были помещены материалы против Михаила Нагого, его уверения, что царевича убили, слова очевидцев «самоубийства» и сведения о болезни царевича. Комиссия еще раз подчеркнула, что болезнь была «старая.

Затем начиналось как бы само обыскное дело: речи священников, чиновников по старшинству и т. п. Комиссия сделала кое–какие приписки и поправки. Вылузгин и подьячий Посольского приказа просмотрели дело еще раз. Дьяк вписал несколько слов на склейку 32; подьячий углядел, что в одном из показаний зачинщиками бунта названы горожане, и вставил — «по приказу Михаила Нагого». Все это и еще многое из того, что творила комиссия Шуйского, строжайше запрещалось делать.

Но расчет был на то, что Годунов обеспечит благожелательное отношение к итогам работы комиссии, а большинство бояр и иерархов, чей голос все равно не мог изменить ситуацию, пропустит детали мимо ушей.