Согласно доносу Антиохийского патриарха Макария, поступившему на имя патриарха Иоасафа из Поволжья, «в здешней стране много раскольников и противников не только между невеждами, но и между священниками: вели их смирять и крепким наказанием наказывать» . Собственно говоря, укоренение решений церковного собора почта повсеместно означало лишь покорность верующих силе и авторитету центральной власти, впавшей, по убеждению значительной части россиян, в ересь: большинство смолчало, но многолетнее сопротивление царским карателям авторитетнейшей Соловецкой обители свидетельствовало, что помимо служебного рвения на Руси сохраняется уважение к собственной совести .

Помимо патриарших увещаний, царева воля утверждалась на просторах государства воинскими командами. Священники, которые наотрез отказывались править церковную службу по новым «никонианским» книгам, именем Иоасафа лишались должностей и предавались суду (1668 г.). Служили староверы на просфорах с древним осьмиконечным крестом: досталось и выпекавшим их просфорницам, разосланным в наказание по монастырям (1668). Такая дотошность заставляет думать, что патриарх не был столь дряхл, как полагают, или, по крайней мере, опирался в делах чисто церковных на весьма активных советников.

Между тем компромиссность решений собора 1667 г. оставляла выбор реальной политики за церковными властями, что должно было заставить энергичных архиереев стараться воздействовать на патриарха, за которым, пускай формально и по подсказке, оставалось последнее слово. Например, собор отменил столь долго и настоятельно утверждавшееся у нас правило перекрещивания католиков при обращении их в православие. Но отмена эта, видимо, не привилась.

К инициативе Иоасафа относят указ о правильном писании икон, послания к выдающемуся живописцу Симону Ушакову, в которых патриарх порицает вторжение в русскую иконопись западноевропейской манеры и тщится узаконить византийский стиль (1668). Обращение с этими увещаниями к организатору художественных работ государевой Оружейной палаты, к тому же художнику, прославленному именно работами в новом русском стиле, — серьезный шаг церковной власти, подчеркнувшей консервативность своего курса.

В патриаршество Иоасафа делались попытки провести в жизнь и иные соборные запреты и ограничения. Так, не полагалось признавать нетленные тела святыми мощами без достоверных освидетельствований: кто и насколько нетлен. Противились церковные власти всегдашнему стремлению народа работать и торговать в праздничные дни; запрещалось в праздники и производить суд. Иоасаф (либо его советники) приложил руку к издревле малоуспешной борьбе с народными обычаями, восходящими к языческим временам: запретили священникам шествовать с крестом впереди свадебного поезда, в котором резвятся скоморохи, звучит отнюдь не духовная музыка и пение. Эти запреты, возможно, именно в силу их невыполнимости, подтверждал позже и патриарх Иоаким — вместе с установлением собора о единообразном одеянии всех духовных лиц.

К положительным мерам в пользу благочестия следует отнести возобновление при Иоасафе давно забытых проповедей в церквах и в особенности поддержку деятельности миссионеров, распространившуюся на Крайнем Севере до Новой Земли, на Дальнем Востоке до Даурии. На Амуре, близ зыбкой границы с Цинской империей, был основан Спасский монастырь (1671). Святость в тех краях была особенно необходима для укрепления духа малого числа россиян, которым вскоре пришлось героически сразиться с полчищами китайцев. И действительно, согласно местным сказаниям, к моменту нападения цинов православные святые, включая крайне западных (вроде князя Довмонта), уже поддерживали единоверцев в приамурских сопках. Это еще раз показало, что, хотя сама вера нематериальна, проявление ее (в данном случае для захватчиков) может быть весьма чувствительным.

Зримым результатом патриаршества Иоасафа были книги, в большом числе издававшиеся государевым Печатным двором: справщики обыкновенно были монахами и благословение патриарха обязательно печаталось в выходных данных.