Но государь и его окружение просчитались: Иона не мог выдержать прямого столкновения с Никоном — и не выдержал.

Когда в ночь на 18 декабря 1664 г. Никон неожиданно объявился в Москве и, вломившись с толпой своих приверженцев в Успенский собор, взял в руку посох св. Петра митрополита, Иона в полной растерянности принял от него благословение. Вслед за митрополитом и священство кинулось под благословение Никона, а народ бурно приветствовал вернувшегося патриарха.

Иону Никон послал к государю с извещением о своем приходе; дворец ужаснулся. Но Павел Крутицкий твердо стал на сторону государя и бояр, принявших решение вновь выслать Никона из столицы, а затем активнейшим образом участвовал в изгнании опального патриарха. «Тебя я знал в попах, — кричал Никон Павлу, отказываясь отдавать посох св. Петра, — а в митрополитах не знаю! И кто поставил тебя митрополитом, того не знаю, и посоха тебе не отдам!..» Митрополит Павел по приказу государя, внешне нимало не смущаясь, взял–таки посох и поставил в соборе на прежнем месте. Никон был изгнан, с его тайными сторонниками расправились.

Наступила очередь Ионы. Государь не принял от него благословения и лично обличил отступника; старец оправдывался «забвением» и страхом пред внезапным явлением Никона. Павел, возглавив спешно собранный собор, укоротил Иону в лучших церковно–административных традициях. 22 декабря 1664 г. маленький и хорошо управляемый собор постановил признать Иону «виновным в том, — по определению митрополита Макария, — что он, забыв свое соборное рукоподписание и будучи наместником патриаршего престола, прежде всех принял благословение от бывшаго патриарха Никона и тем подал худой пример прочим церковникам .

Только из «нисхождения к немощи своего собрата» архиереи предложили Ионе «очиститься» унизительной клятвой:

«Свидетельствуюсь Богом, что я не имел никакого согласия и совета с бывшим патриархом Никоном о пришествии его на престол; что принял от него благословение без хитрости, будучи устрашен его внезапным пришествием и одержим ужасом, и что в то время мне не пришло на ум мое соборное рукоподписание, которое сотворил я о неприятии Никона на патриаршеский престол».

Произнесение несчастным Ионой этой клятвы должно было очистить его от всякого зазора, а митрополиту Павлу — дать возможность не учинять поспешно собор для суда над ним. Довольно было получить от каждого архиерея в отдельности ответ на разосланную уже на следующий день государеву грамоту с вопросом: «Достоит ли теперь Ионе оставаться наместником патриаршего престола и держать начало над архиереями в соборной церкви?»

Совсем убирать Иону, без воли патриарха рукоположившего Питирима, было неудобно. Старцу разрешили даже совершать литургию (только не в соборе и не с архиереями), а после «очищения» обещали, что государь будет принимать его благословение. 27 января, по получении заказных архиерейских ответов, Павел вновь собрал малый собор и сделал следующий логичный шаг. Ионе дозволили благословлять государя (при желании последнего), но от наместничества патриаршего престола отлучили вовсе, а на будущий Большой церковный собор поставили новый вопрос: будет ли Иона начальствовать между архиереями?

Это было принципиально для будущих выборов патриарха, ведь Иона был не только старейшим среди архиереев главой одной из почтеннейших епархий, — он безусловно возвышался над Новгородским митрополитом, от Ростовского рукоположенным! Само собой, Питирим прибыл в Москву на собор 10 февраля 1665 г., лишивший Иону всех преимуществ перед ним. Мало того, решение собора было закреплено государевой грамотой, повелевавшей: «митрополиту Ионе быть на митрополии в Ростове, а на Москве блюстителем соборной церкви быть Павлу митрополиту».