Бурные политические коллизии, вероятно, отвлекали патриарха Иова от духовных занятий. Лишь 6 августа 1594 г. архипастырь обратился к царице Ирине Федоровне с утешением по поводу кончины дочери. Умершие не возвращаются, напоминал он царице, рассказывая о горьком плаче Адама над телом сына его Авеля: «Земля есть и в землю отыдеши». Но молитва праведных может подвигнуть Бога даровать им с царем чадо, как Иоакиму и Анне, до старости глубокой остававшимся бесплодными, однако получившим под конец жизни утешение.

«Видишь ли, благоверная государыня царица, — писал Иов Ирине, — сколь может молитва праведных, терпеливо переносящих постигающие их скорби. А кручиною, государыня, ничего нельзя взять, можно взять лишь милостию Божиею. Если печалишься, то только гневишь Бога, а своей душе причиняешь немалый вред и безгодно изнуряешь свое тело; Дьявол же, егда видит кого скорбяща и печалующа, укрепляется нань.

Сего ради молю твое благочестие: о всем положи упование на Бога и на пречистую Богородицу. И пречистая Богородица, видя твое такое благоволение, умолит Сына своего, да подаст ти всяко прошение твое, его же у него просиши, и благородная чресла твоя многоплодна сотворит, и устроит тя яко лозу плодовиту в дому твоем!» 

Бог, однако, не внял молитвам царицы Ирины Федоровны и оставил ее бесплодной. А Годунов использовал любую возможность, чтобы к моменту смерти болезненного царя Федора Иоанновича не иметь соперников в борьбе за Московский престол. Не наше дело разбираться здесь в тонкостях придворной интриги, в которой патриарх Иов не принимал видимого участия. На первый план его выдвинула кончина царя 7 января 1598 г. Выполняя свое предназначение, тишайший патриарх неожиданно проявил себя как мощный политический лидер, удивительно твердо и энергично реализовавший свою ясную и определенную государственную позицию.

В разгар многосложной борьбы за предоставление трона Рюриковичей бывшему опричнику Иов успевает создать одно из обширнейших и велиречивейших своих произведений: «Повесть о честней житии царя и великого князя Федора Иоанновича всея Русии»  — продолжение самой крупной официозной русской летописи того времени (Никоновской). Вот как выглядят, в небольшой адаптации, основные положения этого программного труда.

«Небес величие и высота недостижима и неописуема, земли широта и долгота неосяжима и неизследима, моря глубина неизмерима и неиспытуема — святых же и крестоносных преславнейших Росийских царей многие добродетелей исправления неиссчетны и неосмыслимы. Если кто будет и силен в рассуждении, и глубокоразумного российского языка грамматическим художеством и риторической силой преукрашен довольно — но благочестивых сих самодержавнейших царей добродетелей величие по достоинству исповедать не смогут…

Было время… когда благочестивая и православная христианская вера в Великой России паче солнца сияя и свои светозарные лучи во всю вселенную испуская… от моря до моря и от рек до концов вселенной славу ее простирала, и благочестивых и крестоносных христианских царей Руские державы скипетродержавство великолепно цвело, и благородный царский корень многими летами непременно влекся от великого Августа кесаря Римского, обладавшего всей вселенной, как история поведает, и до самого святого сего царствия… Федора Иоанновича веса Русии…»

Говоря об отце царя Федора, Иов с восторгом повествует о свирепости Ивана Грозного, запугавшего как свой, так и окрестные народы: «Той же убо благочестивый царь и великий князь Иван Васильевич всеа Русии бе разумом и мудростию украшен, и в храбрых победах изряден, и к бранному ополчению зело искусен, и во всех царских исправлениях достохвален явился, великие изрядные победы показал и многие подвиги по благочестии совершив, царским своим бодроопасным правлением и многою премудростью не только всех сущих богохранимой державы своей в страх и в трепет вложил, но и все окрестные страны неверных язычников, слыша царское имя его, с великой боязнью трепетали».