Дворцовые покои сохранили в тайне обстоятельства того, как Годунов с сестрой и сторонниками отражали натиск Шуйских и Дионисия с их духовными и светскими союзниками на царя Федора Иоанновича. Известно, что острый конфликт возник в начале мая. Но уже около 14 мая борьба выплеснулась на московские улицы. Горожане во главе с богатейшими купцами — гостями — буквально осадили Кремль, требуя развода государя с женой. Исход этого народного возмущения хорошо известен.

Бояре, возможно не без участия митрополита Дионисия, неожиданно помирились. Герой псковской обороны Иван Петрович Шуйский сам вышел в Грановитую палату, где ожидали ответа на свое челобитье «торговые многие люди», объявил об отсутствии гнева на Годунова и предложил народу разойтись. Тогда, по словам «Нового летописца», двое из купцов с горечью заявили: «Помирилися вы есте нашими головами, а вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть, да и нам погинуть».

Скоро исполнилось это мрачное пророчество. Уже ночью купцы были схвачены. После страшных пыток семеро гостей были казнены в Москве «на Пожаре», многие горожане отправлены в тюрьмы и ссылки. Опричного опыта у Годунова и его подручных хватало! В довершение драматического эффекта позже — но далеко не сразу — «пропали» Иван Петрович Шуйский и его сторонники «в верхах». Но эффектность этой исторической сцены, замечательно использованная А. К. Толстым, не мешает нам поинтересоваться причинами столь странного развития событий.

Почему возмущенный народ безропотно оставил осаду Кремля и разошелся по домам, в которые уже ночью ворвались каратели? О чем договорились Шуйские с Годуновыми, какое соглашение благословил митрополит Дионисий, если все они не могли не понимать неизбежность окончательного расчета? Существует мнение, что бояре испугались размаха народного движения, перед лицом которого забыли свои распри. То есть Шуйские и их сторонники испугались движения, которое сами вызвали, которое, судя по поведению москвичей, находилось под их контролем, и сдали свои позиции, ничего не получив от Годунова взамен?

Так на чем же могло быть основано «примирение» во дворце в мае 1586 г.? Многочисленные источники упоминают о двух требованиях Шуйских, митрополита Дионисия, «вельмож царевой палаты, и гостей московских, и всех купецких людей»: царь Федор Иоаннович должен был развестись с царицей Ириной и убрать Годуновых. Очевидно, что–то было обещано недовольным, если представители «верхов» пошли на перемирие, а народ разошелся по домам. Весь опыт народных движений свидетельствует, что, если граждане столицы не терпели военного поражения, они всегда добивались незамедлительного наказания вызвавших их недовольство временщиков. Борис же Годунов, все его родственники и сторонники остались на своих местах. Иное дело, если обещан был развод с царицею, — это дело небыстрое, интимное…

Предположив, что Борис Годунов что–то пообещал — вероятнее всего не препятствовать новой женитьбе государя «царского ради чадородия», — посмотрим, как развивались события. С июня Борис Федорович стал неразлучен с представителями сильной и сплоченной романовской группы земских бояр: сыновей и родичей умершего Никиты Романовича Юрьева; на царских приемах он всегда появляется в их сопровождении. Попробуй упрекни его в симпатии к бывшим опричникам! Солидно укрепив свои позиции в Боярской думе, Борис Федорович не забыл и Церковь.

Приезд в Россию патриарха Иоакима был для Годунова подарком. Как бы ни вел себя митрополит Дионисий, светские власти чествовали Иоакима как высшего церковного иерарха.