Между тем осада Пскова затянулась. Воины Батория не сидели сложа руки. За пять месяцев противостояния (26 августа 1581 г. — 4 февраля 1582 г.) они предприняли 31 атаку на город, меняя направление удара и используя военные хитрости. Но Шуйский был начеку. Русские отвечали врагу не только огнем со стен, но и смелыми вылазками, общее число которых достигло 46.

1 декабря 1581 г. король покинул армию и уехал в Литву, оставив командующим гетмана Яна Замойского. В середине января осажденные узнали о начале мирных переговоров послов Ивана IV с представителями Батория. Их встречи происходили в местечке Ям Запольский близ Пскова. 15 января 1582 г. здесь было подписано перемирие сроком на 10 лет между Россией и Речью Посполитой. Стороны практически вернулись к довоенным границам. Мужество псковичей спасло честь России.

Слава Шуйского как героя обороны Пскова была общерусской. Иван IV, и без того расположенный к Шуйским, осыпал его своими милостями. Три года спустя, почувствовав приближение смерти, царь включил Шуйского в состав небольшого "опекунского совета", заботам которого он поручал наследника — безвольного и флегматичного Федора.

Помимо Шуйского, опекунами 27-летнего венценосца были назначены Б. Я. Вельский, Н. Р. Юрьев и И. Ф. Мстиславский. Первый из них не отличался знатностью, но был главным доверенным лицом царя в деле политического сыска; два других представляли Боярскую думу (князь Мстиславский) и могущественный клан Захарьиных — родню Федора по линии матери.

Кончина царя Ивана Васильевича 18 марта 1584 г. послужила сигналом к началу ожесточенной борьбы вокруг трона. По традиции, заставлявшей всех членов рода держаться вместе и отстаивать общие цели, Иван Шуйский должен был вступить в опасную политическую игру, которую его сородичи начали против царского шурина Бориса Годунова. Впрочем, в этой борьбе он не проявлял особого рвения и, в отличие от других Шуйских (братьев Андрея, Василия и Дмитрия Ивановичей, внуков Андрея Честокола), был весьма разборчив в средствах. Он не хотел доводить дело до кровавых стычек на улицах Москвы и вооруженных нападений на дома своих политических противников (43, 97). Вместе с верхами московского духовенства и купечества он потребовал от царя расторжения бездетного брака с Ириной Годуновой, сестрой Бориса. Это означало бы немедленное падение всесильного временщика.

Однако Годунов успел расправиться с Шуйскими прежде, чем они с ним. В конце 1586 г. все они были высланы из столицы в свои отдаленные вотчины (58, 35–36). Иван Петрович отправился в небольшой поволжский городок Кинешму. Но и здесь, в костромской глуши, Шуйский казался опасен Годунову, положение которого продолжало оставаться крайне шатким. Осенью 1588 г. из Москвы в Кинешму был послан сильный отряд под началом князя Туренина. Посланцы Годунова взяли старого воеводу и отвезли в Кирилло-Белозерский монастырь.

Несомненно, Шуйский не раз бывал здесь прежде: монастырь считался одним из самых святых мест России. Великий князь Василий III ездил сюда на богомолье, а Иван Грозный даже собирался под старость стать иноком этой обители. Но была у Кириллова монастыря и иная, мрачная слава. Еще Иван III сделал его местом заточения опальной знати. Ссыльным обычно открывался отсюда лишь один путь — в "небесные селения". Шуйский, конечно, знал об этом. И потому, вступая под низкие каменные своды святых ворот монастыря, он, быть может, дольше обычного задержал взгляд на изображенных здесь двух ангелах.