Пройдет чуть более года после этих событий и генерал станет первым замом начальника Генштаба, возглавит Главное разведывательное управление (ГРУ). В ноябре 1948 он будет удостоен звания генерал армии и назначен на соответствующую воинскому званию Маршал Советского Союза должность начальника Генерального Штаба Вооруженных Сил СССР, где продержится по июнь 1952 г.

Одновременно он будет и первым заместителем министра обороны СССР. Но в связи с реорганизацией в Вооруженных Силах страны, будет освобожден от занимаемой должности и вновь назначен начальником ГРУ.

После кончины вождя пришедший к власти Никита Сергеевич Хрущев не без помощи лизоблюдов из военного ведомства, мгновенно сориентировавшихся в складывающейся обстановке и проведших массу интриг, освободил генерала армии Штеменко от занимаемой должности, понизил в воинском звании до полковника и отправил служить в Закавказский военный округ, где на должности начальника штаба войск округа уже находился генерал армии Алексей Иннокентьевич Антонов. Он был возвращен сюда еще в 1946 году. Следует заметить, что Антонов, невзирая на свой исключительный профессионализм и такт, был чем-то неприятен вождю. Известно лишь, что начальник Главного оперативного управления генерал Василевский в 1942 году, и то с третьей попытки, убедил Сталина в целесообразности перевода из Закавказского военного округа начальника штаба генерала Антонова в Москву. Но, как оказалось, ненадолго…

Теперь Антонов, встретив в штабе войск округа своего недавнего подчиненного, сразу же предложил ему должность своего заместителя и начальника оперативного отдела штаба округа. Алексей Иннокентьевич питал добрые чувства к Штеменко не только как к профессионалу, но и как к надежному человеку, с которым хватил не один фунт штабного лиха. Не следует исключать и того, что генерал армии Антонов рассчитывал, что благодаря своему такту, дару убеждения и прозорливости он все-таки сумеет в кратчайшие сроки подвести базу к тому, чтобы столь незаслуженно наказанный коллега по военной службе был восстановлен в своем высоком воинском звании.

Но не тут-то было.

В Москве внимательно следили за новыми опальными военачальниками, контролируя каждый их шаг.

За десять следующих лет Сергею Матвеевичу пришлось вновь последовательно пройти все ступеньки соответствующих воинских званий и должностей и в июле 1962 года в силу сложившихся обстоятельств (очевидно, сработали все-таки прозорливость и усилия Антонова, работавшего в это время в должности начальника штаба Объединенных Вооруженных Сил государств — участников Варшавского Договора) Штеменко — уже генерал-полковник — был назначен первым заместителем Главнокомандующего Сухопутными войсками. На должности, соответствующей тогда воинскому званию генерал армии. Но до возвращения ему этого воинского звания было еще более шести лет!

В апреле 1964 года Штеменко назначается заместителем начальника Генштаба ВС СССР, а в августе 1968-го, когда у власти находился Леонид Ильич Брежнев, он был восстановлен в воинском звании генерал армии и назначен начальником штаба Объединенных Вооруженных Сил государств — участников Варшавского Договора.

Объединенные Вооруженные Силы государств — участников Варшавского Договора с 1967 года возглавлял первый заместитель министра обороны СССР Маршал Советского Союза (в том же году ему было присвоено это звание) Иван Игнатьевич Якубовский. Который всячески препятствовал назначению Штеменко на эту должность. Ибо начальник штаба одновременно являлсд и первым заместителем главнокомандующего, т. е. его самого.

Это противостояние неудивительно, его истоки следует искать в пороховые-сороковые…

В годы минувшей войны Якубовский последовательно командовал танковым полком, бригадой, был заместителем командира танкового корпуса, части и соединения которого принимали участие во многих решающих сражениях на советско-германском фронте.