После оккупации советскими войсками Манчжурии для большинства православных людей в Харбине настали трудные дни. Обманутый постоянно передаваемыми ему из Москвы ложными сведениями об истинном положении Церкви в СССР, представителей Московской патриархии и преданных им союзников в Русской зарубежной церкви, престарелый к тому времени митрополит Мелетий признал над собою и своим клиром власть Московской патриархии. В числе этого клира находился и архимандрит Филарет, но он решительно отказался принять советский паспорт. Когда же к нему явился харбинский репортер для того, чтобы взять интервью, и спросил молодого архимандрита, как тот смотрит на «мудрый шаг советского правительства, предложившего русскому населению Харбина снова стать гражданами своей родины», то в ответ он услышал буквально следующее: «Я не считаю возможным принять и не приму советского подданства до той поры, пока не удостоверюсь фактически и, несомненно, на сто процентов, в том, что преследование религии, антирелигиозная пропаганда и травля служителей Церкви совершенно прекращены, и Церковь, которая не «отделена», а изгнана из государства, снова заняла в нем подобающее ей положение». Так архимандрит Филарет до самого конца своего пребывания в Северо-Восточном Китае и не пожелал принять советское гражданство, несмотря на всю связанную с подобной позицией и открытой декларацией неприятия советской власти опасность. Не повлияли на него и некоторые церковные прощения со стороны харбинского епархиального начальства за высказываемую публично столь смелую позицию. Ознакомившись как-то раз с номером «Журнала Московской Патриархии», в котором в числе гениев и благодетелей всего рода человеческого по традиции упоминался Ленин, архимандрит Филарет выразил свое возмущение в проповеди, получившей широкую известность не только среди прихожан, но, благодаря разветвленной сети местных осведомителей, дошедшей до ушей советской военной администрации. Бесстрашное обличение богоборческой коммунистической власти привело сторонников унии с Московской патриархией в особое негодование. И в качестве противодействия через верных последователей, местным ревнителям возвращения в СССР было предложено организовать некий «несчастный случай», который должен был постичь несговорчивого архимандрита, своими проповедями портящего благостную картину единения эмиграции и советской власти. Предложенная через работников советского генерального консульства в Харбине идея была незатейлива. Она заключалась в том, чтобы наиболее естественно представить готовящееся убийство, и для этой цели был избран проверенный и опробованный способ поджога жилища спящего человека — в данном случае — кельи Филарета.

Промыслительно Господь сохранил Своего избранника: хотя и с сильными ожогами, но тот вышел живым из подстроенной ему коммунистами огненной ловушки, а впоследствии даже излечился от ожогов благодаря удачно подобранному сочетанию целебных мазей, рецепт которых он сообщил уже в бытность свою первоиерархом Русской зарубежной церкви в США одной из своих прихожанок — жене протоиерея Виктора Шишкова в начале 1980-х годов прошлого века. Всячески ограждая свою паству от искушений перейти в юрисдикцию Московской патриархии, архимандрит Филарет, по его собственному признанию, «никогда не осквернил свои уста и свою молитву — молитвой за антихристовых слуг» — представителей советских властей и сергианского духовенства.