Главной особенностью так называемого периода упадка в церковной жизни Харбина стала удаленность и, как следствие, оторванность Православной миссии в Пекине и Харбинской епархии от России, что стало причиной перехода их в управление Зарубежным синодом. Но именно тогда русская диаспора Маньчжурии дала множество примеров подвижничества и духовного братства, ревностных и просвещенных пастырей нашей Православной церкви, буквально с пеленок прививавших прихожанам любовь к далекому Отечеству и сознание того, что они — дети великого русского народа. Сама обстановка в православных общинах и дух проповедей воспитывали чувство любви к России, вот почему на протяжении десятилетий выходцы из Харбина помнили и любили этот город, сознательно или подсознательно помня сказанные А. С. Пушкиным слова: «Уважение к минувшему — вот черта, отличающая образованность от дикости». В 1920-е годы временное вынужденное ослабление православной миссионерской деятельности среди местного населения стало использоваться противниками находившегося в Пекине митрополита Иннокентия, считая это в качестве повода для реформирования церковного управления в Китае и возбуждения недовольства среди китайцев — священников и мирян. Ведь к тому же начальник миссии не был сторонником каких-либо демократических реформ в вопросах церковного управления. Его действия далеко не всегда были согласованы даже с Архиерейским синодом: фактически Пекинская епархия была самоуправляемой и мало обращала свои взоры на деятельность Харбинской епархии, что и явилось причиной нестроений, которые, однако, благодаря хорошим «администраторским» качествам начальника миссии проявились только в одном инциденте. 7 декабря 1928 года протоиерей Александр Пиняев, ушедший за штат Пекинской епархии, живописал церковные нестроения в Пекинской православной миссии (оплоте и центре русской духовной жизни во всем Китае) в частном письме в Париж к одному из виднейших иерархов русского зарубежья, митрополиту Евлогию (Георгиевскому). Жалуясь на своего правящего архиерея, он писал: «…судебные тяжбы архиепископа Иннокентия со многими русскими резидентами в Пекине, Шанхае и других городах Китая, особенно за последние 8 лет, довели Российскую Духовную Миссию в Пекине до полного разорения и нищеты. Пекинская Миссия — это фикция. Никаких просветительных и благотворительных учреждений здесь не имеется, здания полуразрушены, вид печальный». В конце этого письма автор просил благословения владыки Евлогия на образование отдельного прихода, который непосредственно подчинялся бы последнему. Митрополит Евлогий по этому поводу советовал обратиться в Москву к митрополиту Сергию (Страгородскому), начав с ним переписку. Но даже несмотря на внутренние разногласия клира, в пределах Харбинской епархии — основной территории, где проживали старые харбинцы-железнодорожники и селились новые — политические, военные эмигранты и просто беженцы, — отдельными подвижниками открывались храмы, строились учебные заведения, в том числе и семинария, печатались православные книги, и развивалась благотворительность.

В части подготовки молодой смены харбинскому духовенству на заседаниях архиереев неоднократно ставился вопрос о необходимости открытия в Харбине духовной семинарии. Окончательным импульсом к ее основанию послужила подготовка в 1937 году правительством Маньчжоу-го реформы русских школ. Согласно новым правилам, реальное училище при церкви в честь святителя Алексия, митрополита Московского в Модягоу было поставлено перед необходимостью закрытия.