В 1937 году Харбин, как и вся зарубежная Россия, пышно отметил 100-летие кончины величайшего русского поэта А. С. Пушкина. В следующем году торжества были посвящены 950-летию крещения Руси. Молодежь, впитывая эти идеи, все больше осознавала важность национального достоинства и прав, что помогло многим пережить новую волну притеснений со стороны оккупационных властей, когда в июле 1937 года Япония продолжила военные действия в Китае с целью подчинить себе всю его территорию, и харбинские русские эмигранты подверглись строгому полицейскому контролю. В зоне повышенного внимания японцев находились и православные епархии. Влияние епископата на умы самых широких слоев русского населения раздражало японскую администрацию, стремившуюся подчинить себе начальника православной Духовной миссии в Пекине и священнослужителей Харбинской епархии. Попутно японцы стремились завладеть значительной частью церковного имущества, собранного накоплениями и стараниями клира. Так как по вполне понятным причинам начальник православной миссии в Пекине не пользовался ни доверием, ни уважением японских оккупационных властей, после создания нового марионеточного государства Маньчжоу-го владыка Виктор был даже принудительно вызван японскими военными властями в Харбин. Там ему под страхом объявления его военным преступником было предложено передать священнослужителей церквей и подворий Российской духовной миссии на территории Маньчжурии в ведение Харбинской епархии. Доверенность на управление имуществом была передана митрополиту Мелетию, проживавшему на миссийском подворье в Харбине. Однако в силу того, что он пользовался большим авторитетом среди русских эмигрантов в Пекинской епархии, японцы были вынуждены считаться с его влиянием. Вопреки собственному желанию владыку Виктора даже назначили председателем Антикоминтерновского союза Северного Китая. Именно этим впоследствии воспользовалось гоминдановские власти в качестве повода для передачи о. Виктора органам СМЕРШ, арестовавшим владыку по обвинению в сотрудничестве с японскими оккупантами, а не за участие в борьбе с большевиками в его бытность офицером корпуса генерала Андрея Степановича Бакича.

Впрочем, с другой стороны, полностью отрицать факт сотрудничества владыки было бы неверным, ибо, как свидетельствовали современники, о. Виктор неустанно служил напутственные молебны японским войскам и возносил молитвы о победе японского оружия.

Несмотря на декларируемую православным духовенством благожелательность к японским властям, некоторые харбинские священнослужители вспоминали те нередкие случаи, когда японские оккупационные власти напрямую участвовали в разграблении и разрушении разнообразных объектов православной церкви, что со временем приняло почти массовый характер в Северо-Восточном Китае. Во время периодических грабительских рейдов оккупационными властями Японии был разрушен храм-памятник в Тянь-зине, а в Чжалайноре был убит иеромонах Павел; до смерти был замучен настоятель храма в Калгане о. Александр Жуч, убит священник Федор Боголюбов. В довершение всего японцы захватили приличную часть церковной недвижимости в Тяньзине, где у прихода были отобраны школа, больница, дом милосердия и библиотека.

В 1939 году японцы дополнили список своих преступлений против человечества новым делом, отстроив вблизи станции Пинфань, в 20 километрах от Харбина, военный городок, получивший название Лагерь Хогоин («Приют»), в котором был размещен так называемый «Отряд № 731». Основанный по секретному указу еще в 1936 году, он вначале был размещен в Харбине. На новом месте у него появились многочисленные лаборатории и службы, вокруг которых была создана запретная зона. Отряд имел даже собственную авиационную часть, а на станции Аньда — полигон. Лагерь в Пинфане носил официальное название Управление водоснабжения и профилактики Квантунской армии, однако на самом деле это был научно-исследовательский отдел, в котором, как и в отряде № 100, шла подготовка к практическому применению бактериологического оружия.