Для рассмотрения всего «нужного и полезного ко введению или отмене во внутреннем устройстве сухопутных войск» по приказу Александра I была учреждена Воинская комиссия. Она должна была определить общее положение и численность войск в целом и по родам, численность полка и роты, вопросы снабжения продовольствием, обмундированием и вооружением пехоты и конницы, а также рассмотреть и другие вопросы.

Возглавлял комиссию великий князь Константин Павлович, а в ее состав входили М. И. Кутузов, Д. П. Волконский, А. П. Тормасов и другие видные военачальники. В 1801–1802 гг. комиссия выработала ряд предложений, которые улучшили и укрепили армию.

В связи с изменением структуры сухопутных сил изменились нумерация полков и их названия. 9 апреля 1801 г. 4-й егерский полк был переименован в 3-й егерский. Это название полк носил четырнадцать лет, и Барклай был его шефом до 1 сентября 1814 г., когда шефы были оставлены только в полках гвардии.

Одновременно правительство Александра I увеличивало численность войск, совершенствовало вооружение, строились новые и модернизировались старые мануфактуры, фабрики и заводы, производившие оружие и военное снаряжение.

Приближение военной опасности, исходящей от Наполеона, к границам России, покорение большинства германских княжеств и государств, арест и расстрел Наполеоном одного из Бурбонов — герцога Энтиенского заставили Александра I пойти на решительное сближение с противниками императора французов, что привело к разрыву дипломатических отношений с Францией.

В апреле 1805 г. был заключен новый союз Англии о Россией, в августе к нему присоединилась Австрия, а затем Швеция и Неаполитанское королевство. Пруссия отказалась войти в состав третьей коалиции.

Узнав, что русские и австрийцы выступили против Франции, Наполеон отдал приказ своей 200-тысячной «английской» армии при 340 орудиях оставить лагеря у Ла-Манша и выступить в поход к Рейну. Армия получила приказ кратчайшими дорогами форсированным маршем идти к Дунаю, чтобы сокрушить австрийцев до подхода к ним русских.

Наполеону удалось заманить под Ульмом 40-тысячную армию австрийского генерала Мака в ловушку и 19 октября Припять от него капитуляцию.

В это время 40-тысячная русская армия под командованием М. И. Кутузова была еще в 270 километрах от Ульма и не могла оказать помощи австрийцам.

Существует гипотеза, что австрийцы, составляя планы кампании 1805 г., не приняли во внимание разницы в календарных стилях Западной Европы и России. И, таким образом, ошиблись на 12 дней в определении даты, когда русская армия должна была подойти к Дунаю.

Кутузов, имея перед собой огромную вражескую армию, умело отступил к Зноймо в Моравии, пытаясь соединиться с шедшим к нему 35-тысячным русским корпусом Ф. Ф. Буксгевдена и остатками австрийцев (25 тыс.). Опыт и военный талант помогли ему избежать поражения.

В это время Барклай-де-Толли был в армии, находившейся под командой Л. Л. Беннигсева и стоявшей между Литвой и Польшей. Армия насчитывала 30 тыс. человек. Однако она не сразу смогла выступить на помощь австрийцам. Прусский король, чтобы не обострять отношения с Наполеоном, отказался пропустить русские войска через территорию страны. Однако, когда французский корпус маршала Бернадота, следовавший в Австрию, срезал маршрут и проследовал через Пруссию у Ансбаха без всякого на то разрешения, Фридрих Вильгельм III разрешил и армии Беннигсена проследовать через прусские земли на помощь Кутузову, но время было упущено.

Кутузов был намерен отступать хоть до Галиции, лишь бы соединиться с войсками Беннигсена, но находившиеся при армии Александр I и австрийский император Франц.