В июне 1803 г. Барклай просил о воспомоществовании. «Никогда не стал бы утруждать и просить милости монарха, — писал Барклай, — коли совершенное мое неимущество меня к тому не принуждало. Не имея никакого собственного имения, не могу я достичь желаемой цели — воспитание малолетних моих детей, и сверх того, чувствуя от понесенных в войне трудов приближение старости моей, беспокоит меня то жалостное состояние, в котором я, может статься, и скорости должен буду оставить жену и детей моих».

После визита царя к Барклаю дела его переменились к лучшему. То ли Александр вспомнил о прошении Барклая, то ли выяснил у своих чиновников, каково подлинное состояние генерала, отказавшегося от всякой помощи, но в тот же самый день Барклай получил звание генерал-лейтенанта и был награжден сразу двумя орденами — Анны I класса и Владимира 2-й степени.

Орден Анны I класса — темно-красный крест из «рубинового» стекла с девизом «Любящим справедливость, благочестие и веру» — вручался вместе с серебряной звездой и красной лентой с желтой каймой.

Орден Владимира представлял собой золотой крест на шею, и к нему давалась еще серебряная звезда с девизом «Польза, честь и слава». Тогда же любимый полк Михаила Богдановича — 3-й егерский был награжден серебряными трубами. Именно после этого визита карьера Барклая стремительно пошла вверх. Царь надолго сохранил к нему свое расположение, назначив его через три года военным министром.

Однако сразу же вернуться в строй Барклай не мог: раны на руке зажили лишь через год и рука частично лишилась подвижности до конца его дней. Из-за этого изменился и почерк Барклая, сделавшись крупным и неразборчивым.

Пока Барклай лечился в Мемеле, французы и русские на четыре месяца разошлись по зимним квартирам, прекратив военные действия.

17 апреля император и король прибыли в Бартепштайн, в главную квартиру Беннигсена. Пока Александр и Фридрих Вильгельм осматривали войска, министры иностранных дел России и Пруссии бароны Будберг и Гардепбсрг готовили текст предстоящей конвенции.

26 апреля в Бартенштайне была подписана русско-прусская конвенция о союзе, в статье 4 которой Александр I обязался употребить все усилия, чтобы не только восстановить власть прусского короля в областях, занятых французами, но и обеспечить Пруссии территориальные прибавления при заключении мира с Францией. После расставания Александр поехал в Тильзит, Фридрих Вильгельм — в Кенигсберг.

В конце апреля Барклай был назначен командиром 6-й дивизии вместо умершего генерала Седморацкого, и Александр I написал Михаилу Богдановичу: «Я уверен, что сие назначение примете Вы новым знаком моей к Вам доверенности».

Весной 1807 г. Наполеон начал наступление в Восточной Пруссии. 10 июня произошло сражение под Хайльсбергом, которое русские хотя и выиграли, но исход его никак не мог отразиться на общем положении сторон.

В это время цесаревич Константин приехал в Тильзит (ныне город Советск Калининградской области) и стал горячо убеждать Александра в необходимости вступить в переговоры с Наполеоном. Александр оставался непреклонным и приказал цесаревичу возвратиться к армии.

14 июня 55-тысячная армия Беннигсена заняла позицию западнее Фрндланда (ныне город Правдинск Калининградской области). В тылу русской позиции протекала река Алле. Армия Наполеона насчитывала 85 тыс. солдат и офицеров. После упорного боя русская армия начала отступать по мостам, сильно разрушенным огнем французской артиллерии. Потеряв около пяти тысяч человек убитыми, утонувшими и пленными, русские войска оставили поле боя.

16 июня во время смотра 17-й дивизии генерал-лейтенанта князя Д. И. Лобанова-Ростовского в Олите Александр получил известие о поражении русских войск под Фридландом, посланное ему Беннигсеном.