…В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера А. Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания. “

Во время допросов выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная организация «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице». Сигналом к нему должно было послужить взятие Тулы генералом Деникиным. Генерал планировал въехать в Первопрестольную до зимы и уже заготовил «Приказ № 1» и «Воззвание к населению Москвы».

Операцией по ликвидации «Национального центра» непосредственно руководил Ф.Э. Дзержинский. В ней участвовали также такие выдающиеся чекисты, как В. Менжинский и А. Артузов. В ходе операции был арестован руководитель «Национального центра» Н.Н. Щепкин, в прошлом крупный деятель партии кадетов, член Государственной думы. На деятельность своей подпольной организации он получил от адмирала Колчака миллион рублей. В ходе обыска чекисты обнаружили на квартире Щепкина постановление Реввоенсовета Республики о сосредоточении фронтовых резервов в районе Тулы, а также изложение плана боевых действий Красной Армии. Этими сведениями «Национальный центр» снабжал руководитель оперативного отдела Всероссийского Главного штаба бывший царский генерал С.А. Кузнецов.

В ходе допросов арестованных заговорщиков, в которых принимал непосредственное участие и Соломон Могилевский, выяснилось также, что они были тесно связаны с резидентом британской разведки в Петрограде Полом Дюксом, через которого информация уходила в Лондон и Париж. Выступление контрреволюционеров намечалось в ночь с 21 на 22 сентября 1919 года. Поэтому начало операции по разгрому контрреволюционного подполья было назначено на 18 сентября. В ходе этой операции, продолжавшейся до 20 сентября, ВЧК арестовала всех основных таварей заговора. 23 сентября 1919 года в «Известиях»» было опубликовано обращение ВЧК ко всем гражданам России в связи с разгромом «Национального центра» и преданы огласке имена 67 главных заговорщиков. Всего в ходе проведенной чекистами операции было арестовано около 700 человек.

После ликвидации «Национального центра» С.Г. Могилевский получил новое назначение. В 1920 году он становится особоуполномоченным Особого отдела ВЧК, то есть фактически является одним из заместителей начальника (в те времена—заведующего) ОО ВЧК. Принимает активное участие в процессе формирования закордонной разведки ВЧК. Это было вызвано третьим походом Антанты — вмешательством панской Польши в Гражданскую войну в России на стороне Врангеля, окопавшегося в Крыму. Антанта начала готовить армию Пилсуцского для похода против Советской России в конце 1919 года, т.е. после провала заговора «Национального центра». Одна лишь Франция передала Польше оружия и боеприпасов для 750-тысячной армии. Кроме того, в Польшу из Франции была переброшена 70-тысячная армия генерала Галлера, состоявшая из поляков-эмигрантов.

Весной 1920 года, воспользовавшись тем, что основные силы Красной Армии были отвлечены на борьбу с остатками армии Врангеля, полчища Пилсудского вторглись на территорию Украины и Белоруссии. Так Польша, получившая независимость от Советской Республики, «отблагодарила» ее. 25 мая 1920 года поляки заняли Киев. В целях усиления разведывательной работы в тылу банд Пилсудского весной 1920 года в Особом отделе ВЧК создается особое подразделение — Иностранный отдел, а при особых отделах армий — иностранные отделения.