Самозванец был убежден, что главная опасность грозит не ему, а полякам. Он укорял Мнишека в малодушии, отвергал любые сомнения в преданности народа, а под конец заявил, что если кто и посмеет выступить против него, то в его власти «всех в один день лишить жизни». Отрепьев привык к риску. И на этот раз он надеялся перехитрить судьбу. Однако бравада не могла скрыть от окружающих его подлинных чувств. В дни свадебных пиршеств самозванец был угрюм и подавлен, по временам его страх прорывался наружу припадками беспричинного раздражения и гнева.

Постаравшись убедить Мнишека в отсутствии поводов к беспокойству, Лжедмитрий тут же отдал приказ о чрезвычайных военных мерах. Басманов поднял на ноги стрельцов и расставил усиленные караулы в тех местах города, где можно было ожидать нападения народа на солдат Мнишека. В Кремле было введено чрезвычайное положение. Стража получила приказ убивать на месте любых подозрительных лиц, которые попытались бы проникнуть внутрь Кремля. В ночь на 16 мая люди Басманова захватили шесть «шпионов». Трое были убиты на месте, трое замучены пытками. Басманов действовал с исключительной жестокостью, потому что власти получили точные доказательства существования заговора. К несчастью для себя, Отрепьев даже не подозревал, что в заговоре участвовала его названная мать, которую он освободил из монастырского заточения и осыпал неслыханными милостями, а также другие любимцы, вроде Василия Голицына. Готовясь нанести царю смертельный удар, бояре бессовестно пресмыкались у его ног и старались усыпить все его подозрения.

Опасаясь выдать себя неосторожными действиями, заговорщики не решались развернуть в народе широкую агитацию против Лжедмитрия. Они несколько раз откладывали сроки переворота, поскольку не были уверены в том, как поведет себя население. В конце концов они решили выступить под маской сторонников царя, чтобы подтолкнуть народ к восстанию против иноземного наемного войска. Планы Шуйских отличались вероломством. Бросив в толпу клич «Поляки бьют государя!», заговорщики намеревались спровоцировать уличные беспорядки, нейтрализовать силы, поддерживавшие Лжедмитрия, а тем временем проникнуть во дворец и убить самозванца.

Готовясь к войне за Азов, Лжедмитрий выслал на южную границу воеводу Шереметева с войском. Одновременно в Москву были вызваны новгородские дворяне. Они расположились лагерем в миле от города. Численность новгородцев, по польским данным, превышала восемнадцать тысяч человек. В действительности их было не более одной-двух тысяч. Но и в этом случае они представляли серьезную силу. Бояре не могли осуществить своих замыслов, не имея в своем распоряжении хотя бы несколько сот вооруженных бойцов. И польские и русские источники одинаково свидетельствуют о том, что Шуйским удалось втянуть в заговор новгородцев. В дни мятежа под Кромами новгородцы отказались перейти на сторону Лжедмитрия. Шуйские учли это обстоятельство. Надо заметить, что подготовленный боярами переворот мало походил на мятеж под Кромами. Столичный гарнизон и дворянское ополчение в целом оставались в стороне от заговора. Под покровом ночи бояре впустили в город через крепостные ворота своих сообщников из числа новгородских помещиков. В решающий момент при штурме царского дворца в распоряжении заговорщиков оказалось около двухсот-трехсот дворян. Они и осуществили дворцовый переворот.

На рассвете Шуйские, собрав у себя на подворье участников заговора, двинулись через Красную площадь к Кремлю. Бояре приурочили свои действия к моменту, когда во дворце происходила смена ночного караула. По слухам, Яков Маржарет был посвящен в планы заговорщиков и сам отвел от царских покоев внешнюю стражу. Поводом для таких слухов послужило то, что командир первой дворцовой роты по болезни не явился во дворец.