Отрепьев замыслил извлечь из земли прах Дмитрия Угличского, что ускорило его гибель. Шуйский осуществил замысел самозванца, но придал ему совсем иное значение. На третий день после коронации Романов доставил из Углича останки Дмитрия. Государь и бояре отправились пешком в поле, чтобы встретить за городом мощи истинного сына Грозного. Царя сопровождало духовенство и внушительная толпа москвичей. Марфе Нагой довелось в последний раз увидеть сына, вернее то, что осталось от него. Потрясенная вдова Грозного не могла произнести слов, которых от нее ждали. Чтобы спасти положение, царь Василий сам возгласил, что привезенное тело и есть мощи истинного Дмитрия. Ни молчание царицы, ни речь Шуйского не тронули народ. Москвичи не забыли о трогательной встрече Марии Нагой с «живым сыном». И князь Василий и Нагая слишком много лгали и лицедействовали, чтобы можно было поверить им снова.

Едва Шуйский произнес нужные слова, носилки с трупом поспешно закрыли. Процессия после некоторой заминки развернулась и проследовала на Красную площадь. Гроб с покойным Дмитрием некоторое время стоял на Лобном месте, а затем его перенесли в Архангельский собор, куда были допущены одни бояре и епископы.

Церковь надеялась заглушить слухи о знамениях над трупом Отрепьева чудесами нового великомученика. Гроб Дмитрия был выставлен на всеобщее обозрение. Некогда Шуйский клялся, что Дмитрий зарезал себя нечаянно, играя ножичком. Самоубийца не мог быть святым, и власти выдвинули новую версию. На мощи царевича положили свежие орешки, испачканные кровью. Всяк мог видеть своими глазами, что будущий мученик в момент смерти играл орешками, а не ножичком.

Благочестивые русские писатели с восторгом описывали чудеса, творившиеся у гроба дивного младенца: в первый же день исцеление получили тринадцать больных, во второй — двенадцать и пр. Однако находившиеся в Москве иноземцы утверждали, что исцеленные калеки были обманщики и пришлые бродяги, подкупленные людьми Шуйского. При каждом новом чуде в городе били в колокола. Трезвон продолжался несколько дней. Паломничество в Кремль напоминало реку в половодье. Огромные толпы народа теснились у дверей Архангельского собора. Царская канцелярия поспешила составить грамоту с описанием чудес Дмитрия Угличского. Грамоту многократно читали в столичных церквах.

Стремясь завоевать симпатии столичного населения, Шуйский решил потревожить также прах Годуновых. По решению думы и духовенства, их тела выкопали из ямы в ограде убогого Варсонофьева монастыря и отправили для торжественного захоронения в Троице-Сергиев монастырь. Двадцать троицких монахов несли их гробы по улицам столицы. В траурной процессии участвовали бояре. Они отдали последний долг свергнутой династии. Ксения Годунова, облаченная в черное монашеское платье, шла за гробом отца, рыдая и громко жалуясь на свою несчастную судьбу. «Ах, горе мне, одинокой сироте, — причитала она, — злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мертвый он терзает русское царство, суди его бог!»

Агитация против расстриги произвела впечатление на столичное население, но брожение в народе не прекращалось. В самый день перенесения в Москву мощей Дмитрия, как только царь Василий оказался посреди бесчисленной толпы, он, по словам Я. Маржарета, вторично подвергся опасности и едва не был побит каменьями. Царя спасло присутствие множества дворян. Обретение нового святого внесло успокоение в умы, но ненадолго. Недруги Василия позаботились о том, чтобы испортить его игру. Они притащили в собор тяжело больного, находившегося при последнем издыхании, и тот умер прямо у гроба Дмитрия. Толпа в ужасе отхлынула от дверей собора, едва умершего вынесли на площадь. Многие стали догадываться об обмане, и тогда власти закрыли доступ к гробу царевича.