Будучи заместителем секретаря Совета безопасности, Березовский теперь приезжает на Северный Кавказ как представитель федерального центра. Он безграмотно вмешивается в дела российских военных, идет на весьма странные контакты с чеченскими боевиками. Генерал-полковник, Герой России Геннадий Трошев в своих воспоминаниях «Моя война. Чеченский дневник окопного генерала», сославшись на А. Кадырова, писал, что накануне вторжения в Дагестан Березовский «спонсировал» Шамилю Басаеву один миллион долларов.

Трошев командовал в 1995–2002 годах федеральными войсками в Чечне, а затем в Дагестане и был достаточно информирован. Он выразил большое сомнение в истинных мотивах освобождения Березовским из плена российских солдат, их отпускали уже через 1–3 дня после пленения, чего почти никогда раньше не бывало. Причем среди освобожденных почти все были только рядовыми. Генерал отметил, что действия похитителей и освободителей выглядели на редкость скоординированными, более того, штаб СКВО располагал доказательствами сговора с бандитами. Он так подытожил свои рассуждения на эту тему: «Быстрое освобождение нескольких групп российских солдат поставило больше вопросов, нежели дало ответов. И как-то в тени на этом фоне осталось очередное высказывание тогдашнего министра по делам национальностей Рамазана Абдулатипова, который заявил, что в расцвете торговли людьми на Северном Кавказе во многом виноваты те, кто пытается показать, сколь велико их влияние в Чечне. Это был явный намек на Бориса Березовского».

Инициатив у олигарха во власти было, действительно, много. Он активно участвует в создании «Единства», будущего ядра нынешней «Единой России». Дирижирует кадровой политикой в стране. По крайней мере, как олигарх сам утверждал, участвует в определении будущего преемника Бориса Николаевича. Может быть, он преувеличивал свою роль, но есть все основания полагать, что в его конторе, а не в Кремле, решались многие важнейшие вопросы. Пока Березовский находился в России, он не оставался в стороне и от борьбы за переделы собственности.

Начиная с первой половины «лихих 90-х» мне многократно приходилось разоблачать Березовского. Я открыто говорил о его проделках и Ельцину, и Черномырдину, другим фигурам верхушки власти. Много занимался раскрытием афер Березовского замечательный юрист, член ЦК нашей партии, к сожалению, безвременно ушедший из жизни Виктор Иванович Илюхин. Обвинения в мошенничестве, отмывании денег, связях с чеченской мафией и заказных убийствах против Березовского были выдвинуты упоминавшимся мной американским журналистом Полом Хлебниковым. Сначала он написал об этом в 1996 году в журнале «Форбс», повторив их в своей книге чуть позднее. Но все это как бы попадало в «черную дыру». Обвинения против Березовского Прокуратурой РФ по результатам следствия были сформулированы только в 1999 году, при правительстве Примакова — Маслюкова.

С тех пор в отношении Березовского было возбуждено 13 уголовных дел, по двум делам обвинения сняты, еще по двум вынесены заочные приговоры. В 2007 году Савеловский суд Москвы заочно приговорил Березовского к шести годам лишения свободы по делу о хищении более 214 млн рублей «Аэрофлота». В 2009 году Красногорской городской суд заочно признал Березовского виновным в хищении 140 млн рублей «ЛогоВАЗа» и «АвтоВАЗа», после чего путем частичного сложения сроков приговорил его к 13 годам лишения свободы.