Бестужевские курсы были местом отдохновения Ивана Михайловича и действительно его семьей. Он любил атмосферу серьезности, которая царила здесь, любил сердечность и дружественность между слушательницами и их начальством, установившуюся усилиями Надежды Васильевны Стасовой, любил ту — жадность, с какой слушали его лекции по физиологии эти молодые женщины, отлично понимавшие, каких трудов стоило устроителям создание их университета. Приятно было сознавать, что и он вложил в организацию курсов свою долю участия, что его любят и ценят здесь — в этом месте, где нет ни интриг, ни склок и где все и каждый служат одному-единствен-ному делу: святому делу эмансипации женщины.

Он так умело организовывал свое время, что успевал читать лекции у бестужевок и в университете, заниматься со студентами практическими занятиями и выступать с публичными лекциями для населения и, как всегда, массу энергии тратить на научную работу.

Петербургский университет тех лет представлял собой средоточие лучших научных сил: Менделеев, Бутлеров, Овсянников, Чебышев, Бекетов, вскоре избранный ректором университета, — вся эта коллегия жила дружно и могла служить примером редкого единодушия во всех насущных вопросах университетской жизни. За одиннадцать лет пребывания Сеченова в университете ни на одном заседании факультета или Совета ему не приходилось наблюдать ни одного враждебного столкновения.

Между тем университет, как и все русские университеты, переживал трудные времена. Правительственная реакция бушевала вовсю, вновь введенные суровые полицейские меры были направлены не только на поведение студентов в университете, но и на их быт. Студентов же, замешанных в каких бы то ни было университетских беспорядках, лишали права поступления на государственную службу.

Студенты из всех университетских городов, переодевшись в крестьянское платье, шли в народ — переходили из деревни в деревню, из села в село, пропагандируя борьбу с самодержавием. Их вылавливали и десятками сажали в застенки, но на место арестованных шли новые сотни. Пропагандистов-народников судили показательными процессами, а студентов — откуда черпался резерв на место арестованных — преследовали всеми возможными способами. В зданиях университетов сидели переодетые полицейские, «гороховые пальто» — тайные агенты полиции — сновали по улицам и переулкам поблизости от учебных заведений и возле домов, где жили «подозрительные» студенты и профессора. Васильевский остров — этот университетский район — кишел «гороховыми пальто».

1 марта 1881 года народовольцам удалось брошенной бомбой убить Александра Второго. Реакция после этого приняла невиданные размеры. Любое постановление университетского начальства проверялось и могло быть отменено высшими властями, арестовывали и «виновных» и тех, кто никакого отношения не имел к политике. Положение в университетах стало невыносимым. В воздухе носился будущий кабальный университетский устав 1884 года.

Петербургские профессора не могли безучастно смотреть на гибель университета, из которого изгонялись лучшие, талантливейшие студенты. Совет профессоров почти весь, за исключением двух человек, постановил вмешаться в дело, когда была исключена группа студентов. Написали докладную записку и передали ее Делянову. Делянов ответил на это злобным выговором всей университетской коллегии и потребовал, чтобы впредь профессора не вмешивались не в свое дело, предоставив заботу о судьбе студентов высшему начальству.

Но профессора вмешивались.