Он продолжал работать, как будто ничего чрезвычайного не случилось. Став гласным городской думы, он в течение восьми лет разрабатывал множество вопросов по больничной и врачебной практике, настоял на улучшении больничных условий и на постройке больниц по новому типу. Много занимался организацией женского образования, и первая женщина, получившая докторское право в России — Кошеварова-Руднева, — тотчас же по окончании Медико-хирургической академии была принята Боткиным в качестве ассистентки. Он писал статьи для медицинской печати и издал три выпуска «Курса клиники внутренних болезней», а в основанной им «Еженедельной клинической газете» широко печатал статьи своих учеников.

Он продолжал чтение лекций, работу в клинике, научные опыты — словом, жил так, как только и мог жить Боткин. Клинику свою он поставил на такой уровень, какого не знали еще ни Россия, ни Запад. Он открыл в самом начале своей деятельности первую в истории здравоохранения бесплатную амбулаторию и продолжал вести в ней прием больных. Он организовал первую клиническую лабораторию и, с наслаждением работая в ней, приобщал к экспериментальной медицине своих учеников. Десять лет в этой лаборатории работал Иван Петрович Павлов. «Я был окружен клиническими идеями профессора Боткина… — вспоминал он. — Глубокий ум его, не обольщаясь ближайшим успехом, искал ключа к великой загадке: что такое больной человек и как помочь ему — в лаборатории, в жизни, в эксперименте… На моих глазах десятки лет его ученики направлялись им в лабораторию, и эта высокая оценка эксперимента клиницистом составляет, по моему убеждению, не меньшую славу Сергея Петровича, чем его клиническая, известная всей России деятельность».

Уже по всей России трудилась плеяда его учеников, профессоров, завоевавших себе широкую известность в научном мире, и в народе. Это были представители боткинской школы — яростные противники формализма, шаблона, косности и метафизики.

Как и в прежние годы, Боткин был загружен до предела: несколько часов работы в клинике, амбулатория и лаборатория, короткий обеденный перерыв в кругу многодетной семьи да игра на любимой виолончели — «моя освежающая ванна». Потом до зари он писал статьи, читал медицинскую литературу, готовился к очередной лекции. От огромной частной практики, к которой он не стремился, он не мог отказаться, так много съезжалось к нему больных, жаждущих его помощи.

Все было по-прежнему. Только теперь он часто ездил на воды, и все чаще и чаще посещало его тяжелое удушье… Жизнь Боткина была уже на исходе.

А ведь во время русско-турецкой войны в 1877 году он еще выезжал на театр военных действий, посещал военные госпитали и лазареты, помогал советами, ободрял больных и раненых и снова переживал чувство собственного бессилия облегчить участь раненых, страдающих от неурядицы военного времени и от неудовлетворительной организации военно-санитарной службы — все то же, что еще юношей испытал он в Крымскую войну в Севастополе.

Как раз во время русско-турецкой войны был «прощен» Владимир Александрович Обручев.

Вернувшись через четырнадцать лет, в 1875 году, на родину, в имение матери Клипенино, изнывавший там от тоски и безделья, от сознания собственной ненужности, Обручев подал прошение о назначении его рядовым-добровольцем в действующую армию. Обручеву был возвращен чин поручика и разрешена государственная служба. В 1879 году он приехал в Петербург и начал сотрудничать в «Отечественных записках» до самого их запрещения (в 1885 году), после чего поступил на службу по морскому ведомству.

С Сеченовым он первое время общался мало — все не мог привыкнуть, что тот занял место Петра Ивановича, и очень редко бывал теперь у сестры.

На Васильевском острове Сеченовы жили рядом с четой Ковалевских — Владимиром Онуфриевичем и Софьей Васильевной.